יעדי סבא"א, עם כינונה ב-1957, היו יישומי האנרגיה הגרעינית למטרות שלום, בטיחותם של מתקנים וחומרים גרעיניים, ומניעת קידום תוכניות פיתוח נשק גרעיני על-ידי מדינות סוררות – משימה שהפכה למשימתה העיקרית והקשה של סבא"א בעשורים האחרונים. עיקר הקושי במשימה זו נעוץ במציאת שביל הזהב לניטור פעילויותיהן הגרעיניות של מדינות אלה ללא יצירת אנטגוניזם עמן, וזאת תוך התחשבות בעמדת המעצמות למצב. דוגמה בולטת לכך ניתן לראות באנטגוניזם החריף בין סבא"א בגיבוי ארה"ב לבין המשטר בפיונגיאנג שהביא לפרישת קוריאה הצפונית מהארגון ב-1994 כתגובה לעיצומים שהוטלו עליה, ולגירושם הסופי של פקחי סבא"א מתחומה ב-2009. דוגמה בולטת נוספת הייתה עוינות משטר צדאם חוסיין כלפי סבא"א על-רקע מאמצי הארגון בשנות התשעים לחשוף את תוכניתה של עירק לפיתוח נשק גרעיני.