האם מניות תנובה שחולקו בין האגודות השיתופיות שייכות לאגודות עצמן, או שהן קניינן של הרפתנים שעמלו קשה במשך השנים לחלוב את הפרות ולשווק את מוצרי החלב? רשם האגודות השיתופיות החליט כי מניות תנובה שחולקו בין האגודות השיתופיות הינן קניינן של האגודות עצמן, וכי לרפתנים אין זכויות קנייניות עליהן.
בתנובה יכולות להיות חברות רק מושבים וקיבוצים המאוגדים כאגודה שיתופית. לאורך השנים נהגה תנובה לחייב את חבריה, ששיווקו תוצרת חקלאית באמצעותה, בשני סוגים של תשלומים: האחד הוא חיוב על שווי התוצרת, וזאת לכיסוי הוצאות השיווק שלה, והשני, חיוב על חשבון השתתפות בהון מניות תנובה, וזאת לפי היקף התוצרת החקלאית אשר שיווקו באמצעותה.
במהלך שנת 1999 החליטה ועדת תנובה להקצות יחידות השתתפות בין האגודות השיתופיות החברות בתנובה. הוחלט כי החלוקה תיעשה כך: 50% מיחידות ההשתתפות יחולקו באופן שווה בין כל האגודות החברות בתנובה, ו-50% מיחידות ההשתתפות יחולקו על-פי "הגביה להון מניות כפי שבוצעה במשך השנים".
הרפתנים של מושב ניר בנים טענו כי יחידות ההשתתפות שייכים להם, ולכן מונה עורך הדין משה שפורן כבורר יחיד לדון בסכסוך בין המושב לבין 16 רפתנים חברי המושב. השאלה בה נדרש להכריע: האם יחידת ההשתתפות בתנובה אשר הוקצו לאגודה, הן נכס מנכסי האגודה, או שמא יש לזקוף את שוויין הכלכלי לזכות הרפתנים עצמם.
הבורר החליט כי 9,068 יחידות ההשתתפות אשר הקצתה תנובה לניר בנים בשל חברות באגודה, מהווים נכס מנכסי המושב, וכי לאסיפה הכללית הסמכות להכריע בשאלת שיוכן של יחידות אלה לחברי האגודה. בנוסף החליט הבורר כי 16,295 יחידות השתתפות מתוך 24,002 יחידות ההשתתפות אשר הקצתה תנובה לניר בנים על-פי מרכיבי השיווק והגבייה, ישויכו לרפתנים. לגבי יתר 7,707 יחידות ההשתתפות לא החליט הבורר כיצד יחולקו.
על החלטה זו החליט המושב לערער בפני רשם האגודות השיתופיות, בטיעון כי הוא פסק בניגוד לדין המהותי לפי פקודת האגודות השיתופיות כשקבע כי החלטות תנובה מחייבות במישור היחסים שבין האגודה לבין חבריה. לטענת המושב, פסק הבוררות מרוקן את האישיות המשפטית של האגודה מתוכנה ומנכסיה.
רשם העמותות ערך בדיקה יסודית לגבי התשלומים שהועברו לתנובה לאורך השנים, ולגבי הזכויות שניתנו לרפתנים ולאגודות. לאחר שבדק את כל הראיות שהוגשו לו בעניין, הוא פסק כי הרפתנים לא הרימו את נטל ההוכחה כי יש להם או הייתה להם בעלות על מניות תנובה. הרשם החליט כי הרפתנים לא שילמו על חשבונם עבור מניות תנובה. לכל היותר, בפרק זמן כלשהו שילמו המשיבים מס מוקטן על מניות תנובה. תשלום המס, לפי הרשם, איננו הופך את המשתמשים לבעלי הון. מניות תנובה הן קניינה של האגודה, וכך נרשמו "מניות תנובה" בספרי האגודה, כ"הון אגודה". על כן החליט הרשם כי 33,070 יחידות ההשתתפות של ניר בנים בתנובה הינן נכס של האגודה שנצבר במסגרת פעילות הקואופרציה השיתופית ולמען רווחת חבריה, קרי: שיווק דרך האגודה.
