ראש הממשלה אהוד אולמרט התערב בעת שהיה שר התעשיה והמסחר, בתהליך אישור בקשות של איש העסקים רחמים "רמו" בן שושן, פעיל הליכוד בצפון וחבר מרכז הליכוד, לאישור מימון פרויקטים במרכז ההשקעות שבמשרדו. כך עולה מביקורתו של מבקר המדינה על טיפול מרכז ההשקעות במתן אישורים לחברות ב"קבוצת מרינה" שבשליטת בן שושן.
כך, למשל, מתברר כי לאחר שבן שושן פנה לאולמרט והתלונן על דחיית בקשתו להקמת בקשתו למענק למפעל לגידול פטריות "פיט סטופ בע"מ" שבבעלותו, משום שלא היה בתחום טיפולו של מרכז ההשקעות, הועברה התלונה למנכ"ל משרד התמ"ת, רענן דינור, שהיה באותה עת גם ממלא-מקום מנהל מרכז ההשקעות. התלונה הופנתה לדינור עם הערה בכתב ידו של עובד יחזקאל, יועץ בכיר לשר: "רענן דינור - דחוף - ביד. אהוד מבקש בדיקתך האישית ועדכונו". מבקר המדינה אומר כי בקשת השר ל"בדיקה אישית" יכולה להתפרש כהנחיה למתן העדפה לטיפול ביזם.
מכתב רשמי של השר
במרס 2005 פנה בן שושן לעובד יחזקאל, בבקשה לסיוע בעבודות פיתוח ותשתיות במפעל אחר שלו, טבע פוסט, לייצור קומפוסט מונבט. יחזקאל פנה במכתב רשמי של לשכת השר למְנהל מרכז ההשקעות וביקש את הסיוע. המבקר אומר כי שיגור מכתב רשמי של לשכת השר בחתימת יועצו הבכיר - והעברת העתק לשר וליזם עצמו - יכלו להתפרש בידי מְנהל מרכז ההשקעות כהוראה או כהנחיה לביצוע וכהפעלת לחץ של השר או מטעמו.
עוד מתברר כי ב-1 ביולי 2003 נתן מרכז ההשקעות מענק הרחבה לטבע פוסט על סמך החלטה שהתקבלה בישיבה בהשתתפות אולמרט, וזאת כשלושה שבועות לפני שאישרה מנהלת מרכז ההשקעות תוכנית הרחבה קודמת. מבקר המדינה אומר כי הוא רואה בחומרה את עקיפת המנהלת.
המבקר אומר כי חברת "מרינה טבע ייצור ושיווק", שבשליטת בן שושן, קיבלה ממרכז ההשקעות מענק על השקעה במכונת זריעה שרכשה ב-1995, למרות שבעבור אותה המכונה קיבלה מענק ממשרד החקלאות. עקב גילוי "המענק הכפול" בוטל האישור ומרינה טבע נתבקשה להחזיר את המענק. אבל ב-1997 שונתה ההחלטה ומרינה טבע חויבה להחזיר רק 25% מהמענק, והמרכז קבע כי לא יאושרו לה תוכניות נוספות, וב-1998 קבע מנהל המרכז דאז, בניגוד להחלטה הקודמת, כי עם סיום החזרת המענק, לא תהיה החברה מנועה מלקבל אישורים נוספים. מבקר המדינה אומר כי המרכז לא טיפל ב"פרשת המענק הכפול" כיאות.
מסו"ת העניק לבן שושן שליטה בשוק הפטריות
חברה אחרת של בן שושן, "מרינה ב.ש. גידול ושיווק" קיבלה ממרכז ההשקעות באפריל 1999 הכרה כמפעל מאושר לייצור מוצרי פטריות ולקט ירקות, למרות שהחוק לעידוד השקעות הון קובע כי אין לתת אישור כזה למפעלים שבהם מתבצע תהליך עיבוד ראשוני בתוצרת חקלאית טרייה. המבקר קובע כי לא היה מקום לתת אישור כזה. בינואר 2004 בוטל האישור בשל אי-השקעה במפעל.
מדוח המבקר עולה כי מרכז ההשקעות אישר לחברות בבעלות בן שושן ארבע תוכניות להקמה ולהרחבה של מפעלים. סכום המענקים הוא כ-7,670,000 ש"ח. בן שושן הוגדר בידי הבנק לפיתוח התעשיה כבעל שליטה בשוק הפטריות והקומפוסט. הוא הגיע למעמד זה, בין השאר, עקב הטיפול בענייניו ואישור תוכניות מפעליו במרכז ההשקעות. במסמכי המרכז לא נמצאה כל עדות לכך שהמרכז נתן את דעתו לנושא זה.
המבקר גם אומר כי מרכז ההשקעות טיפל בבקשות של מגדלי פטריות וקומפוסט, ובכללם היזם, בצורה לא אחידה וחרג מרבים מנהליו. לדעת מבקר המדינה, ראוי להעביר את הטיפול בקבוצת מרינה ובמפעלים הדומים למפעליה מהמרכז למינהל ההשקעות בחקלאות.