כמה מן הרופאים המתמחים שהודיעו על התפטרותם, הגישו במקביל למדינה בקשה לקבלת מענקים של 300,000 שקל כל אחד. מענקים אלו הם חלק מהסכם השכר, נגדו יצאו המתמחים, ומחייבים אותם להישאר במערכת לפחות ארבע שנים. מכאן יוצא, כי אין המדובר בהתפטרות אמיתית אלא ב"שביתה בתחפושת". כך טוענת המדינה (יום ב', 24.10.11) בתגובתה המקדמית לעתירתם של שישה מתמחים לבג"ץ.
המתמחים מבקשים מבג"ץ לאפשר להם להתפטר, לאחר שבית הדין הארצי לעבודה אסר זאת בקובעו שמדובר בהתפטרות קולקטיבית פסולה. המדינה מבקשת מבג"ץ לדחות את העתירה על הסף, תוך שהיא תוקפת בחריפות את המתמחים, אך גם מצהירה על נכונותה להמשיך במו"מ איתם. העתירה תידון (יום ג', 25.10.11) בפני השופט
חנן מלצר.
לדברי המדינה, העתירה מתיימרת לעטות על עצמה מעטה חוקתי ועקרוני, אך למעשה מדובר בניסיון לערער על החלטותיו של ביה"ד הארצי. היא מעירה, כי את ששת העותרים מייצג משרד עוה"ד זיסמן-אהרוני-גייר, שהוא גם פרקליטה של עמותת מרש"ם שהקימו המתמחים ואשר פעולותיה זכו לקיתונות של ביקורת מצד בית הדין הארצי.
המדינה אומרת, כי יש לבחון את התפטרות המתמחים על-פי מהותה האמיתית, ובחינה כזו תגלה שמדובר בשביתה לכל דבר. היא מזהירה מפני יצירת תקדים מסוכן במשפט העבודה, בו כל קבוצה שאינה שבעת רצון מן ההסכם עליו חתם הארגון היציג שלה, תעלה דרישות משלה ותפעל באופן עצמאי. מצב זה, אומרת המדינה, יביא לפגיעה בזכויות העובדים ולכרסום בזכות השביתה.
המדינה מוסיפה, כי לאחר שמורידים את המעטה מעל מאבק המתמחים, מתברר שמדובר לא במאבק על עתיד הרפואה, אלא ב"דרישה להעלאת שכר הרופאים במרכז, בתוספת שכר גדולה למומחים במרכז, ובתוספת שכר פחות גדולה למתמחים במרכז, משל מדובר בכמה מערכות בריאות המתקיימות במדינת ישראל, זו לפריפריה וזו למרכז, זו למומחים וזו למתמחים, זו לצעירים וזו לוותיקים, זו לבתי החולים הציבוריים וזו לרפואת הקהילה, זו למקצועות מבוקשים וזו למקצועות בלתי מבוקשים ובמחסור".
בתגובתה הארוכה (282 סעיפים ב-64 עמודים ועוד כרך נספחים), מפרטת המדינה את אירועי הסכסוך עם המתמחים. בין היתר היא טוענת, כי הסכם השכר שנחתם עם ההסתדרות הרפואית מעניק למתמחים שכר חודשי המתחיל ב-20,000 שקל ויכול להגיע ל-28,000 שקל למתמחה בפריפריה במקצוע שבמחסור. הרופאים הצעירים יקבלו 26,000 שקל בחודש, ומי שעובד בפריפריה במקצוע במחסור יכול להגיע ל-42,000 שקל. "אין בכל המקרים הללו לא שכר רעב ובוודאי לא תנאי עבדות", אומרת המדינה.
טענה נוספת של המדינה היא, שהרופאים המומחים הוותיקים תומכים במאבקם של המתמחים, שכן המאבק העיקרי הוא למעשה לטובת אותם מומחים. המדינה סומכת טענה זו על דברי המתמחים עצמם ועל עדויות מנהלי בתי החולים בדבר תמיכת המומחים במאבק המתמחים. כמו-כן, עומדת המדינה על הסכנה הנשקפת לחיי אדם מהתפטרותם ההמונית של המתמחים.