רכבת ישראל ביטלה נסיעות מירושלים שאמורות היו לנסוע בתוך השבת. בתחילה דווח כי הרכבות יופעלו לפחות בשתי נסיעות בתוך שבת בשל חסימת הכבישים לירושלים, אך בתוך דקות ספורות נמסר כי הן לא יופעלו בשל חסימת כבישים.

נסיעת רכבות בשבת אסורה מכוח החלטת ממשלה משנות החמישים המתירה נסיעות בשבת רק ברכבות בינלאומיות (שמגיעות לדמשק וכדומה). רכבות כאלה אין היום בישראל. הפעלת רכבות בשבת במקרים חריגים טעונה החלטת ממשלה מיוחדת.

בסערה בשנה שעברה הופעלו רכבות בשבת שלא בסמכות. בין היתר בשל הבלגאן והסערה החזקה אז, והצורך לחלץ רבים שנתקעו בירושלים. השנה הייתה היערכות מוקדמת שמנעה תקלות מעין אלה.

בשנה שעברה פעלה הרכבת גם כ"רכבת תיירותית" בשבת. היא הסיעה תיירי של מתל אביב, ששיחקו בשלג באזור מלחה וחזרו עם הרכבת לתל אביב. במשרד התחבורה מבהירים כי השנה לא יישנו תופעות מעין אלה ורכבות לא יפעלו בשבת.