החשדות נגד אולמרט בנוגע לשיבוש מהלכי משפט נוגעים הן למשפטו בירושלים והן למשפט
הולילנד. במשפט בירושלים החשד הוא, כי אולמרט דאג למימון הגנתה של זקן - בין היתר באמצעותו של ידידו דניאל אברהמס - ובתמורה נמנעה זקן מלעלות על דוכן העדים. News1 הצביע כבר בתחילת 2013, לאחר שחשף את חקירתה של זקן במשטרה, על החשש לשיבוש המשפט בירושלים. בסיום עדותו במשפט הולילנד, אישר אולמרט במפתיע שהוא דאג למימון הגנתה של זקן באותו משפט.
רק בעקבות ההסדר עם זקן, היא חזרה לדוכן העדים בבית המשפט המחוזי בירושלים, והעידה שאולמרט עשה גם שימוש פרטי בכספים שקיבל מ
משה טלנסקי. החזרת התיק מבית המשפט העליון למחוזי התבססה על כך ששופטי העליון השתכנעו ברמה הלכאורית, כי הימנעותה של זקן מלהעיד בסיבוב הראשון נבעה ממעשים פסולים של אולמרט. בעקבות עדות זו הורשע אולמרט ונדון לשמונה חודשי מאסר; ערעורו תלוי ועומד בבית המשפט העליון.
במשפט הולילנד החשד הוא, כי אולמרט ניסה להשפיע על זקן שלא תגלה את האמת על השימוש בכספים שקיבלה עבורו מ
שמואל דכנר. בעדותה במשפט טענה זקן, כי העבירה 60,000 שקל לעו"ד
אורי מסר, מקורבו של אולמרט, שאמר לה שהכסף היה נחוץ לכיסוי גרעונות הבחירות של אולמרט. אולם לאחר ההסדר עימה טענה זקן, כי הכסף הועבר בידיעתו של אולמרט. השופט
דוד רוזן העיר, כי די ברור לו שעדותה המקורית של זקן הייתה פרי שיבוש מצידו של אולמרט.
סעיף 244 לחוק העונשין, שכותרתו "שיבוש מהלכי משפט", קובע: "העושה דבר בכוונה למנוע או להכשיל הליך שיפוטי או להביא לידי עיוות דין, בין בסיכול הזמנתו של עד, בין בהעלמת ראיות ובין בדרך אחרת, דינו - מאסר שלוש שנים".
סעיף 246, שכותרתו "הדחה בעדות", קובע: "(א) המניע אדם, או מנסה להניעו, שבהליך שיפוטי לא יעיד, או יעיד עדות שקר, או יחזור בו מעדות או מהודעה שמסר, דינו - מאסר שבע שנים. (ב) המניע או מנסה להניע כאמור בסעיף קטן (א), בדרך של מרמה, הטעיה, כוח, איומים, הפחדה, מתן טובת הנאה או כל אמצעי פסול אחר, דינו - מאסר תשע שנים".