קיים כשל מובנה ב-46 המנהרות המקשרות בפרויקט הרכבת לירושלים. כך טוענות (30.12.15) חברות שפיר הנדסה והחברה האיטלקית IMPRESA PIZZAROTTI & C. SPA.
המנהרות נועדו למילוט במקרה חרום, וכוללות חדרי חשמל ובקרה. הן תוכננו בידי הרכבת ונבנו בידי שתי החברות, הטוענות שהתריעו שוב ושוב על כשל בתכנון. לדבריהן, חששן התממש לאחרונה, כאשר רצפת אחת המנהרות התבקעה והתרוממה בעקבות אי-עמידתה בלחץ ההידרוסטטי שהופעל עליה. מדובר במפגע בטיחותי חמור וסכנה ממשית, המעיד על כך שכל המנהרה המקשרת נמצאת בסכנת קריסה - נטען עוד.
לדברי העותרות, קיים חשש לפיו ישנה בעיה גם במנהרות מקשרות נוספות. הרכבת הכירה בכשל התכנוני שבאחריותה, התקינה במנהרה שרצפתה קרסה תימוכי פלדה, והכניסה אליה נחסמה ונאסרה על-ידי המבקשות.
החברות מבקשות מבית המשפט המחוזי בתל אביב להעביר את בחינת הכשל לבדיקתו של המומחה ד"ר אולריך ראהם שמונה בהסכמת הרכבת, בהתאם להסכם שבין הצדדים. לטענתן, הרכבת גוררת רגליים, אינה מאפשרת למומחה לבדוק את הכשל, וקיים חשש שהיא מנסה לקבוע עובדות בשטח לפני שהלה יחל בבדיקתו. טרם הוגשה תגובת הרכבת.