אחד הפרקים המרכזיים בדוח עוסק בתקציב משרד התחבורה ושפירא מוצא, שהוא אינו שקוף די הצורך ואינו מקדם את מטרות המשרד. המדיניות המוצהרת זה שנים של משרד התחבורה היא לטפל בבעיות התחבורה באמצעות קידום השימוש בתחבורה ציבורית על חשבון השימוש בכלי רכב פרטיים. בפועל, קצב ההתקדמות של מיזמי הפיתוח בתחום זה איטי ורמת השירות אינה מדביקה את הצרכים. בין היתר, עקב כך היקף השימוש בתחבורה הציבורית נותר קטן, היקף השימוש ברכב פרטי גדל ובעיית עומס התנועה בכבישים הולכת ומחריפה.

בשנים 2015-2011 בוצעו שינויים מרחיקי לכת בתקציב, ברמת תוכניות התקציב ועוד יותר ברמת תקנות התקציב. נמצאו אי-התאמות רבות בין התכנון התקציבי לביצוע, מחד-גיסא תת-ביצוע של התקציב, ומאידך-גיסא - חריגות בביצוע שהן עבירות על חוק התקציב או עבירות מינהליות. עוד הועלה חוסר שקיפות של תהליכי העבודה הקשורים לתקצוב ולשינויים בתקציב, הן כלפי הכנסת והן כלפי הציבור.

הליקויים הרבים מצביעים על כשלים באחד או יותר מהשלבים: תכנון לקוי של הפרויקטים והפעולות של משרד התחבורה וחברות התשתית; היערכות בלתי מספקת של חברות התשתית לקראת ביצוע של פרויקטים או כשלים בביצועם; או פגמים בתהליכי התקצוב במשרדי האוצר והתחבורה. ליקויים אלה מעידים גם, כי התקציב אינו ממלא את תפקידו, בכך שאינו משקף את תוכנית העבודה של משרד התחבורה ואת הפעולות המתוכננות שלו. בשנת 2015 החל משרד התחבורה לשפר את שיטות העבודה שלו ושל חברות התשתית נוגע לתכנון התקציב והמעקב אחר ביצועו, אולם במועד סיום הביקורת עדיין לא הושג שיפור נראה לעין בניהול התקציב.

הדוח מעלה ליקויים בתוכנית שנועדה לשדרג את המסלולים בנתב"ג, כדי להכפיל את מספר ההמראות והנחיתות מ-24 ל-50 בשעה. אלא ששנתיים אחרי סיום הפרויקט, בו הושקעו מיליארד שקל, המסלול החדש לא מנוצל כמתוכנן, וכך נותרו בעינן בעיות הרעש והבטיחות, מגביל את מספר התנועות לשעה וגורם לאובדן הכנסות בשל דחיית טיסות. אחת הסיבות: רשות שדות התעופה לא התאימה את התמ"א לעבודות שביצעה.

הביקורת העלתה ליקויים רבים בתפקוד אגף הרישוי. בין היתר, נמצאו ליקויים בשירות לאזרח, המתבטאים בזמני המתנה ארוכים לקבלת שירות בחלק מהסניפים ובמצב תחזוקה ירוד של חלק מהם. תוכניות לימוד הנהיגה לא עודכנו שנים רבות; הקצאת המבחנים לבתי הספר לנהיגה אינה שקופה; זמני ההמתנה ארוכים ביותר לתלמיד המעוניין להיבחן במבחן הנהיגה המעשי, בעיקר בגלל הפחתת מספר הבוחנים; העדר אמות מידה אחידות לקביעת תוצאות מבחני הנהיגה המעשיים; למרות המחסור הרב בנהגים מקצועיים במדינה נמצא, כי הליך קבלת רישיון הנהיגה המקצועית ארוך ויקר; העדר מנגנוני פיקוח ובקרה יעילים על בתי הספר לנהיגה ועל הבוחנים; ועוד.

עוד עוסק המבקר במעבר לגז טבעי כמקור אנרגיה מרכזי, המצריך תכנון לטווח ארוך לצורך חיבור מפעלי התעשיה וצרכנים נוספים לרשת החלוקה שלו. אלא שהמעורבות הממשלתית בחיבור צרכנים לרשת החלוקה של הגז, לא הביאה לקידום ניכר של מיזם זה. רשות הגז לא הובילה התייחסות מערכתית למיזם זה כאל מיזם לאומי, ולא פיקחה כראוי על קצב התקדמות פריסת הרשת שהכתיבו חברות החלוקה המחזיקות ברישיונות לפריסתה.

צרכנים פוטנציאליים אשר בחנו את הכדאיות הכלכלית בחיבור לרשת החלוקה של הגז הטבעי נתקלו לא אחת בחסמים ביורוקרטיים, בחוסר ודאות לגבי האסדרה החלה עליהם, בדרישות חדשות, בהוצאות לא מתוכננות ובעיכובים בלתי צפויים בתהליך. קשיים אלו, לצד השינויים החדים במחיר הנפט בשנתיים האחרונות, הפחיתו את כדאיות ההסבה לעומת החלופות העומדות לפניהם.

שפירא מצביע על ליקויים רבים בטיפולו של דואר ישראל בדואר הבינלאומי, במיוחד לנוכח הגידול המהיר בסחר האלקטרוני המביא לגידול ניכר במשלוח החבילות ארצה. בית המיון המרכזי בתל אביב אינו מותאם מהבחינה הלוגיסטית לטיפול בכמות פריטי הדואר הבינלאומיים המגיעים מחו"ל ולמיונם.

התשתיות בחלק מבתי הדואר האזוריים אינן מאפשרות לחברת הדואר לטפל ביעילות ובמהירות בפריטי הסחר האלקטרוני ובפריטי דואר אחרים. לכן, נוצר עומס בבתי הדואר האלה, ונגרמים לעיתים עיכובים בהליך הטיפול בפריטים אלו. כמו-כן, פעמים רבות אין הלקוחות מקבלים הודעה ידנית על הגעת חבילתם לסניף; ויש חבילות שמגיעות ללקוחות כשהן פגומות או במצב בלתי שמיש.

אגף המכס אומנם בודק ידנית כמה מפריטי הדואר הבינלאומי המגיעים לארץ, אלא שבדיקות אלו מזעריות ביחס לכמותם של פריטים אלו. בעקבות העדר היערכות מתאימה לבדיקה מקיפה של הטובין המיובאים מחו"ל, מיסים רבים שהיו אמורים להיגבות בגינם - בסך 200 מיליון שקל לשנה - אינם נגבים.

עוד עוסק שפירא בהרחבה במימוש תקציב החינוך, העומד על 50 מיליארד שקל בשנה. הביקורת העלתה ליקויים מהותיים בתהליכי התכנון, ההקצאה, הפיקוח והבקרה על תקציב החינוך מצד משרדי החינוך והאוצר. המשרדים אינם בוחנים ביעילות את ההתאמה בין התקציב וביצועו ליעדים ולתפוקות המצופות ממערכת החינוך. הפערים בהישגים הלימודיים בין התלמידים בישראל הם מהגבוהים בעולם, ודירוג הישגיהם ביחס למדינות ה-OECD לא השתפר.

לדעת שפירא, העמקת הפערים בלימודים מחייבת את משרד החינוך ביתר שאת לשלב בתכנון התקציב שיקולים דיפרנציאליים בכל שכבות הגיל. יש לבסס את תהליך קבלת ההחלטות, ככל האפשר, על מידע שיטתי וסדור בנוגע לכל המקורות והמשאבים המופנים למערכת החינוך, הן הממלכתיים (תקציבי משרד החינוך והרשויות המקומיות) והן החוץ-ממלכתיים (תשלומי הורים ועמותות). הדבר יעשה את התהליך למושכל יותר, ויביא להגברת היעילות והשוויון בהקצאת המשאבים, למען צמצום הפערים בחברה.

שפירא שם דגש גם על פעילותה של החברה להשבת רכוש קורבנות השואה, אשר מאז הקמתה איתרה רכוש בשווי כולל של 1.8 מיליארד שקל והשיבה ליורשים נכסים בהיקף של 280 מיליון שקל (15.6% משווי הרכוש שאותר). הנדל"ן שמנהלת החברה, בהיקף של 652 מיליון שקל, נמצא בהליכי איתור (איתור יורשים יזום), הליכי השבה שונים (בדיקת בקשות, החלטות חלקיות) ושחרור נכסים.

החברה העניקה סיוע לניצולי שואה בהיקף של 750 מיליון שקל באמצעות תוכניות סיוע שהכינה ותמכה בארגוני סיוע לניצולי השואה ובארגונים להנצחת זכר השואה. בשנת 2015 צמצמה החברה את הסיוע, בשל העדר תקציב, ובשנת 2016 הפסיקה אותו כליל. המשך הסיוע מותנה במימוש נכסים ללא יורשים המנוהלים על-ידי החברה, ובכלל זה מניות אוצר התיישבות היהודים, ששוויין בדצמבר 2015 עמד על 206 מיליון שקל. שפירא קורא לזרז את הטיפול בנכסים ולהוות דוגמה ליתר מדינות העולם.

פרק אחר בדוח עוסק בניהול האתרים באגן העיר העתיקה בירושלים, אשר רגישותם מחייבת תיאום וניהול מושכל בידי רשות הטבע והגנים, רשות מקרקעי ישראל, רשות העתיקות, החברה לשיקום ופיתוח הרובע היהודי, וגם עמותת אלע"ד שנכנסה לניהול חלק מהם. אלא שדרך פעולתן של רמ"י, החברה ורשות הטבע אפשרה היווצרות זכויות חופפות של גורמים שונים באותן חלקות באותה עת. התקשרויות החברה ורשות הטבע עם אלע"ד לא הוסדרו לפי חוק חובת המכרזים ותקנות חובת המכרזים, והפיקוח שלהן על מיזמים של העמותה הוא חלקי. "המחדל של כל אחת מרשויות אלה הביא למצב שבו בפועל הפכה העמותה לגורם מרכזי ביותר באזור זה, בלי שיתבצע לגביה פיקוח מהותי מטעם רשויות המדינה המופקדות על האזור ועל האתרים שבו", קובע שפירא.

התנהלותם של רמ"י, החברה ורשות הטבע, יצרה אי-בהירות בדבר הזכויות וההחזקות במקרקעין, והביאו להחלשת מעמדן של החברה והרשות בשטחי עיר דוד, והעברתן לידי גוף פרטי ללא פיקוח הולם ובניגוד לכללי מינהל תקין, עד כדי התפרקות המדינה מסמכויותיה. מדובר בממצאים חמורים, קובע שפירא.