נשיא מצרים, חוסני מובארק, אמר (יום א', 2.6.02) כי מצרים העבירה לארה"ב, כשבוע לפני הפיגועים במגדלי התאומים, אזהרה חמורה בדבר כוונת אירגון אל-קעאידה לבצע תקיפה מאסיבית של מטרות אמריקניות. את הדברים אמר מובארק לניו-יורק טיימס.
האזהרה היתה כללית, ומהות התקיפה לא היתה ידועה באותה העת. מאידך, האזהרה הודיעה כי תיכנון התקיפה נמצאה בשלבים מאוד מתקדמים, וכי מדובר על אירוע חסר תקדים.
בראיון לניו-יורק טיימס חשף מובארק שהמידע הושג באמצעות סוכן חסוי ששתלו כוחות הביטחון המצרים באירגון אל-קעאידה. כמו כן הוסיף מובארק שמדינתו עשתה כל שביכולתה, מעבר למה שניתן לחשוף היום, כדי למנוע את התקיפה.
"לרגע לא חלמנו על מימדי פעולה שכאלה. ציפינו שיתקפו שגרירות, אולי ינסו לחטוף מטוס. מה שגילינו לאחר מכן, זה פשוט לא יאומן".
מובארק חשף גם כי הסוכן שהפעילו המצרים יצר קשר עם בכירים באירגון וניסה לשכנע אותם לבטל או לדחות את התקיפה, אף שלא היה מודע למהותה המלאה. כל ניסיונותיו נענו בשלילה.
תגובת הבית הלבן לדברים היתה הכחשה כוללת. "לא התקבלה כל התרעה מהמצרים על ניסיון חטיפה, פיגועי התאבדות או כל דבר בסגנון", אמר בכיר בבית הלבן לניו-יורק טיימס.