רשת הטרור של אוסאמה בן-לאדן מימנה פיגועי התאבדות באינדונזיה בארבע השנים האחרונות, כך מסר גורם בכיר במשטרת אינדונזיה (יום ג', 28.2.06). הגורם שמסר את הדברים הדגיש את הקשר בין אל-קאעידה לבין ג'מעה אל-איסלמייה.
הכסף להתקפות, אשר אירעו במדינה שבה האוכלוסיה המוסלמית הגדולה בעולם, הועבר למנהיגי ג'מעה אל-איסלמייה על-ידי שליח, כך נמסר. "(הכסף) בא מראש אל-קאעידה", אמר הגורם לכתבים בוועידה אשר עסקה בטרור בינ"ל. לא ברור מהו מקור המידע, ואותו גורם שמסר את הפרטים סירב לומר אם פגש בבן-לאדן.
ג'מעה אל-איסלמייה עומדת ככל הנראה מאחורי התקפות הטרור ב-2002 במועדון הלילה ובאתר באי באלי, אשר גרמו למותם של למעלה ממאתיים איש, התקפות ב-2003 וב-2004 בהן נהרגו עשרות בני אדם, ופיגועי תופת בבאלי באוקטובר האחרון, אז נהרגו 20 איש.
לארגון ג'מעה אל-איסלמייה הטרוריסטי גורמים בסינגפור, מלזיה, תאילנד ובפיליפינים, כמו גם באינדונזיה. רשת הטרור הדרום-אסיאתית, נחשדה כבר בעבר כמקושרת לאל-קאעידה.
