בחודש מאי השנה התייחס מבקר המדינה, השופט (בדימוס) מיכה לינדנשטראוס, לפרשה בדוח הביקורת השנתי 56ב', בפרק אשר עוסק במשרד החקלאות ופיתוח הכפר. המבקר אף המליץ להפעיל מסקנות אישיות נגד מנכ"ל החברה.
מבקר המדינה מגלה בדוח, כי ממידע שהגיע למשרדו התברר, כי באוגוסט-ספטמבר 2004 מימנה אגרקסקו, על-פי החלטת מנכ"ל החברה - שלמה תירוש, לשני חברי כנסת נסיעה לחו"ל - עשרה ימים בארה"ב ויום אחד באירופה.
במסקנות הפרק כותב מבקר המדינה, כי שלמה תירוש, מנכ"ל אגרקסקו, "על דעת עצמו עשה שימוש לא ראוי ולא תקין בטיסות ובאירוח בחו"ל, וכל זאת גם ללא דיווח וללא אישור דירקטוריון החברה, כמתחייב על-פי נורמות ראויות של מינהל ציבורי ועסקי תקין, אשר ראוי כי אגרקסקו תפעל על-פיהן".
המבקר כתב, בין היתר, שמנכ"ל החברה כשל "והכשיל אישי ציבור". הוא מציין, כי "מן הראוי כי דירקטוריון החברה ידון בממצאי הביקורת, הן במישור הכללי והן במישור האישי, כולל הסקת מסקנות אישיות".
מנכ"ל אגרקסקו בתשובתו למשרד המבקר הסביר, כי מימון נסיעתם של חברי הכנסת נעשה במסגרת פעילות לסייע לחקלאים בעיקר בנושא מרכזי אחד שהוא העסקת עובדים זרים, וכי מטרת הנסיעה היתה לחשוף את חברי הכנסת גם לשווקים החקלאיים של ישראל בארה"ב. לדבריו, במסגרת זאת גם נערכו סיורים בחו"ל אצל הלקוחות. אולם המבקר קבע, כי ההסברים שקיבל אינם מניחים את הדעת.
הדרישה: לחקור גם את חברי הכנסת על קבלת שוחד
בעקבות הדוח פנה אגוד מגדלי הפרחים, אורזי הפרחים בעמק חפר ועמותת אומ"ץ, לבג"צ בדרישה להדיח את מנכ"ל חברת אגרקסקו, שלמה תירוש, מתפקידו.
במקביל, הגישה עמותת אומ"ץ תלונה למשטרה נגד מנכ"ל אגרקסקו בחשד למתן שוחד לחברי הכנסת רוחמה אברהם ואלי אפללו, וכן פנתה ליועץ המשפטי לממשלה ופרקליט המדינה בתביעה להעמיד לדין את שני חברי הכנסת הללו בחשד לכאורה לקבלת שוחד.
בעתירה, שהוגשה באמצעות עוה"ד גבי ספרן ובועז ארד, נטען כי המלצות המבקר אשר קבע בדוח השנתי שפרסם כי על דירקטוריון אגרקסקו להסיק מסקנות אישיות נגד מנכ"ל החברה, לא יושמו בידי החברה.