רוברט גייטס הושבע (יום ב', 18.12.06) לתפקיד מזכיר ההגנה האמריקני במקומו של דונלד ראמספלד, אשר עזב את תפקידו נוכח ההתדרדרות במצב הביטחוני בעירק, ותבוסת המפלגה הרפובליקנית בבחירות אמצע הקדנציה לקונגרס ולסנאט.
גייטס עמד בראש סוכנות הביון האמריקנית בין 1993-1991, בזמן שהנשיא ג'ורג' בוש (האב) יצא למלחמה הראשונה בעירק, ונחשב לידיד קרוב של המשפחה הנשיאותית. גייטס נשבע אמונים בטקס סגור שהתקיים הבוקר בבית הלבן.
כשהודיע הנשיא בוש בחודש האחרון כי בכוונתו להחליף את העומד בראש הפנטגון, אמר בוש כי הוא חפץ בכך על-מנת להביא "פרספקטיבה חדשה" לעירק. שר ההגנה החדש, בן ה-63, נכנס לתפקידו בעיצומה של מחלוקת ציבורית סביב המדיניות האמריקנית בעירק.
כשענה לשאלות וועדת הסנאט לקראת מינויו, אמר גייטס כי ארצו "לא מנצחת במלחמה ההיא", וציין כי ברצונו להגיע בקרוב לעירק על-מנת להיוועד עם הגנרלים האמריקנים הנמצאים בשטח. זאת, במטרה לשקול שינוי באסטרטגיה האמריקנית. גייטס אמר מול הסנאט כי הנשיא בוש מצפה ממנו למבט חדש על המלחמה בעירק, וכי כל האופציות בנושא, "מונחות על השולחן".
בפרטו את חששותיו בנושא העירקי, אמר גייטס כי הוא מאמין כי אירן, סוריה, סעודיה וטורקיה יהפכו מעורבות יותר במידה שארה"ב תיסוג מעירק, בהשאירה את המדינה במצב של כאוס. "יותר מכל אני חושש כי ניהול לא נכון של המצב בעירק בשנה-שנתיים הקרובות, ועזיבה של עירק כשהיא מצויה במצב של כאוס, יביאו כוחות אזוריים שונים למעורבות בעירק", אמר.
