נשיא המדינה, שמעון פרס, אמר (יום ג', 27.11.07) כי מדינת ישראל מנהלת מגעים עם סוריה וכי קיימות דרכים להעברת מסרים הן מעל והן מתחת לפני השטח. הדברים נאמרו במהלך סיור שערך הנשיא פרס בנגב.
הנשיא הוסיף כי קיימות שתי בעיות שהסורים חייבים לפתור. אחת מן היא ישיבתו של ראש הלשכה המדינית של חמאס, חאלד משעל, בסוריה, והשניה היא הסכנה של הפיכת לבנון לגרורה של אירן בתמיכת סוריה.
"אנאפוליס היא נקודת ציון משמעותית וחשובה מאוד לתהליך המדיני ולמזרח התיכון", אמר פרס והוסיף כי ההשתתפות מדינות ערב בוועידה מעידה על כך שהן מבינות שישראל איננה הסכנה האזורית אלא אירן. "המדיניות הקיצונית המאיימת והמפחידה גורמת להרבה אנשים להתחיל להבין זאת", דברי פרס.
סוריה שלחה לוועידת אנאפוליס את סגן שר החוץ שלה. זאת לאחר שהליגה הערבית החליטה לשלוח נציגים אל הוועידה. צעד זה זכה לביקורת חריפה מצד בת בריתה של סוריה, אירן. נשיא אירן אחמדינג'אד אף התקשר לנשיא הסורי ונזף בו.
סוריה, מצידה, הסבירה את הסכמתה להשתתף בוועידת אנאפוליס ותירצה זאת בבחינת כוונותיה של ארצות הברית ומחויבותה לשלום. כך עולה ממאמר המערכת בבטאון הממסדי הסורי "תשרין".
"השתתפותה של סוריה בוועידת אנאפוליס באה לבחון את מידת רצינותו של הממשל האמריקני בפעילותו למען השלום הפעם, וזאת לאחר שרמז בעבר שאינו מעוניין לפעול במסלול", כך כותב המאמר, תחת הכותרת 'אלו הסיבות שבגללן סוריה משתתפת'.
סוריה, כך נכתב עוד, יודעת כי ישראל מצדה אינה מעוניינת בשלום והיא אשר עומדת מאחורי הקיפאון בתהליך השלום מעל 7 שנים. "כאשר סוריה הולכת לאנאפוליס, היא לוקחת בחשבון כי הסוגייה הפלשתינית עומדת בבסיס השלום, הביטחון והיציבות באיזור, וכי השלום האמיתי מצריך טיפול בכל צדדי הסכסוך והשבה של כל השטחים הערבים הכבושים: הפלשתינים, הלבנונים והסורים".
"היום ומחר", נכתב עוד, "תהיה סוריה חלק מהקונצנזוס הצפוי הזה, השואף לחייב את ישראל למלא אחר העקרונות הבינלאומיים והערבים לשלום, ולסכל את תוכניתו של ראש ממשלת ישראל אהוד אולמרט, הקורא להכיר במדינת ישראל כמדינה יהודית. סוריה והערבים כולם יודעים שאולמרט הולך לאנאפוליס כשהוא חושב על שני יעדים: כפיית ישראל כמדינה יהודית והשגת נורמליזציה ללא תמורה. האם הקונצנזוס הערבי ישמש כסכר שימנע את שאיפות אולמרט, ויביא לשלום צודק וכולל?".