המחלקה הכלכלית בפרקליטות המדינה ופרקליטות מיסוי וכלכלה חתמו (יום ב', 16.6.08) על הסדר טיעון עם בועז יונה. על-פי ההסדר שנחתם בין הפרקליטות לבין יונה באמצעות בא-כוחו עו"ד יאיר גולן הוא ייחקר בנוגע לחשדות בפרשה, וישתף פעולה עם חוקריו. כמו כן, ייחקר יונה על-ידי המנהל המיוחד שמינה בית המשפט בישראל, עו"ד מולכו, וישתף עמו פעולה. בסיום חקירתו, יוגש לבית המשפט המחוזי בירושלים כתב אישום, שנוסחו מהווה חלק מהסדר הטיעון עליו חתם יונה.
