הטענה המרכזית בעתירה היא שראש הממשלה מנצל לרעה את מעמדו ואת תפקידו לשם שיבוש מהלכי חקירה ומשפט. הדבר מתבטא בכך שהוא נמנע מלהעמיד עצמו לחקירה תוך זמן סביר, מפעיל יועצי תקשורת על-מנת להשפיע על כלי התקשורת ולהעביר מסרים לחשודים אחרים או לעדים בפרשות וגורם לעיכובים של חודשים בחקירות בנימוקי הלו"ז הצפוף של ראש הממשלה. זאת למרות שהוא מוצא זמן לעניינים חברתיים ופוליטיים שוליים.

• אולמרט נמנע מלהעמיד עצמו לחקירה, תוך זמן סביר - "המו"מ מצד המשטרה ו/או הפרקליטות מול לשכתו ו/או פרקליטיו כדי שניתן יהיה לגבות ממנו עדות, ככל חשוד-פושע, נמשך שבועות ארוכים עד אשר הוא נעתר לפנות מזמנו "חלון קטנטן". בחקירת פרשת כרמיה, לדוגמה, על-ידי אנשי מבקר המדינה, הוא דחה את הקץ ונקט סחבת במשך חודשים רבים (ובתוך-כך נקט בדרכי עורמה ונמנע מהעברת קלטת עדותו לידי אנשי המבקר); בחקירת פרשת המעטפות, לדוגמה, הוא הסכים לחקירה של שעה אחת בלבד (בעדותו הראשונה) וזאת לאחר התערבות אישית ואולטימטום למעשה מצד היועמ"ש; לחקירתו השנייה באזהרה, בפרשה זו, הקצה רק שעה אחת בלבד ובזבז חלק מהזמן לשם נזיפות בחוקרים ושיחת טלפון; למען חקירתו השלישית במה שנודע כפרשת אולמרט טורס הוא הקצה רק שעתיים (11.07.08) - למרות שנדרש להקצות שבע שעות לחקירה - ואף זאת רק לאחר שלושה שבועות מעת שנדרשה חקירתו כחשוד בגניבת כספים. בכל אותה עת פתוחה הייתה בפניו הדרך לפעול לשיבוש מהלכי חקירה ומשפט, כאשר למרבה הצער, באותה תקופה נמנע היועמ"ש מלכפות על אולמרט להעמיד עצמו לחקירה ככל חשוד אחר".

• יועצי התקשורת מעבירים מסרים לחשודים ו/או עדים - "אולמרט מפעיל שורה של עורכי דין ויועצים, בהם יועץ תקשורת ששכר בתשלום, כדי להשפיע על כלי התקשורת ולהעביר מסרים לחשודים אחרים ו/או עדים בפרשות השונות המצויות בחקירה. כך עשה ופעל נגד עו"ד אורי מסר, וכך פעלו גם אנשיו תוך שהם מפעילים כלי תקשורת כדי להלך אימים על חוקרי המשטרה בכלל ועל היועמ"ש ופרקליט המדינה בפרט. במקביל לזאת פעלו אנשיו של אולמרט להכפשת גורמי חקירה, אכיפה ותקשורת שעסקו במסגרת תפקידם בחשיפת מעשיו של אולמרט, לרבות: העותר 1; מבקר המדינה השופט (בדימ.) מיכה לינדנשטראוס; יועצו של המבקר, ניצב (בדימ.) יעקב בורובסקי; היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז; פרקליט המדינה לשעבר, ערן שנדר; ראש אגף החקירות במשטרה, ניצב יוחנן דנינו; ויו"ר תנועת אומ"ץ, אריה אבנרי".

• תירוצי הלו"ז הצפוף והאירועים החברתיים של אולמרט - "אולמרט גורם לעיכובים של חודשים רבים בחקירתו האישית, בנמקו זאת בלו"ז הצפוף של ראש הממשלה, שאמור להיות עסוק, מטבע הדברים, בענייני המדינה. ואולם, בה-בעת הוא מוצא זמן למכביר כדי להיפגש עם חבריו בנסיבות חברתיות; וכן כדי לתדרך את ידידיו העיתונאים ב"שיחות רקע" לבל ידווחו אמת על מעלליו; וגם זמן למכביר למניפולציות פוליטיות מפלגתיות והנואה פנים-מפלגתית; ואפילו שעות רבות מזמנה היקר של מליאת ממשלת ישראל, כדי לדון ולנסות לקדם (06.07.08), באופן שערורייתי ומקומם, הקמת ועדת חקירה שנועדה, ומראש, לפגוע בגורמי חקירה ומשפט שמיצו את הדין עם השר חיים רמון. מיותר כמעט לציין: אולמרט לא השתמש בסמכותו ולא מנע את השתתפותו הפעילה של ידידו האישי, השר רמון, בדיון האמור, וזאת על-אף הנחיית היועמ"ש. ובמילים פשוטות: אולמרט מצא זמן למכביר כדי לפעול ולסייע לידידו האישי, תוך רמיסת החוק ותוך בזבוז זמנם היקר של שרי הממשלה בכלל ושלו בפרט".

יצחק טען בעתירה כי על-פי סעיף 16 (ב) לחוק יסוד הממשלה יתפוס ממלא-מקום ראש הממשלה את הנהגת הממשלה במידה שנבצר מראש הממשלה למלא את תפקידו.

"המחוקק הפקיד בידי היועץ המשפטי לממשלה כוח מכריע להורות על חקירת אולמרט וגם לקבוע את כשירותו/נבצרותו של ראש הממשלה", ציין בעתירה והוסיף כי תקדים העברת סמכויות ראש הממשלה מאריאל שרון לאהוד אולמרט על-ידי היועץ המשפטי לממשלה בעת שלקה שרון בשבץ מוכיח כי גם מזוז תופס את תפקידו כפי שנטען בעתירה.

העותר אף פנה אל היועמ"ש במכתב מיום 27.05.08 וביקשו להורות על נבצרות אולמרט בגין חמש החקירות הראשונות שלעיל. תשובת היועמ"ש בנושא זה לא ניתנה עד לעת הגשת העתירה.

"הנה כי כן: העברת התפקיד באופן זמני למ"מ ראש הממשלה - בשל הנסיבות המיוחדות שנוצרו נוכח מעשיו ופשעיו של אולמרט, היא צעד אפשרי מבחינה משפטית, והיא צעד מתחייב, גם למען אולמרט עצמו - שיואיל ויתכבד להילחם מחוץ לממשלה כדי להוכיח את חפותו, אם סבור הוא שלא ביצע את המעשים המיוחסים לו", ציין. "כאשר ראש ממשלה מכהן מסובך בשש חקירות פליליות המייחסות לו - מחמת מעשיו, חשד לפשעים חמורים, לרבות: גניבה, שוחד, ומרמה בנסיבות מחמירות, כולל גניבה מארגונים שהוקמו לסייע לחסרי ישע, הוא חייב להעמיד עצמו לחקירה עד סיום החקירות ובירור האמת. בתקופה זו הוא עסוק וטרוד, מטבע הדברים, בענייניו ובגורלו האישי, ולכן הוא אינו רשאי להוסיף ולהחזיק בתפקיד ראש ממשלה ולסכן את האינטרסים של מדינת ישראל".

עוד הוסיף כי התערבות בית המשפט העליון נדרשת עתה במיוחד בשל זאת שכל אורגני המדינה - כנסת ישראל, ממשלת ישראל, היועץ המשפטי לממשלה, ומפלגתו של אולמרט (קדימה) לא השכילו לשכנע ו/או לכפות על אולמרט - החשוד בפשעים חמורים, ליתן דין וחשבון מלא ותוך זמן סביר על מעשיו בפני גורמי החקירה והאכיפה.

"רק הכרזת נבצרות כדרישת העותר תאפשר למשטרה ולפרקליטות להשלים במהירות הדרושה את החקירות ולהגיע להחלטות.. אזרחי מדינת ישראל זכאים לראש ממשלה מכהן במשרה מלאה; ואין לאפשר מצב שבו חשוד-פושע לכאורה ינצל לרעה את מעמדו כראש ממשלה כדי להונות את הציבור ולחמוק מאימת הדין, וכל זאת תוך צפצוף על שלטון החוק וסיכון אינטרסים חיוניים של מדינת ישראל", לשון העתירה.