ראש המוסד מאיר דגן הזהיר כי אם פרויקט הגרעין של טהרן יתקדם בלי תקלות, תהיה לאירן פצצה מוכנה לשיגור בתוך כחמש שנים. לדבריו, סוגיית הגרעין של אירן היא איום של ממש על קיומה של מדינת ישראל, ויש להרחיקו מעלינו.
בדיון בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת, העריך דגן כי המהומות באירן לא יימשכו זמן רב. לדבריו, יש עימותים אלימים בטהרן ובעוד מחוז אחד בלבד, והזיופים בבחירות דומים לנעשה בכל מדינה דמוקרטית.
ראש המוסד אמר כי המציאות האירנית אינה עומדת להשתנות עקב הבחירות. "אם מוסאבי היה מנצח היה לנו קשה יותר להסביר את כל נושא האירני לעולם כולו, כי מוסאבי מצטייר בזירה הבינלאומית כמתון, אבל אסור לשכוח שהוא זה שהתחיל את פרויקט הגרעין", אמר דגן בדיון בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת. הוא הביע ספק אם המהומות באירן יובילו למהפכה.
לדברי דגן, אם פרויקט הגרעין של אירן ברמה הטכנית לא יופרע, ההערכה היא שתהיה להם פצצה מוכנה להפעלה בעוד חמש שנים.