בג"ץ דחה כצפוי (יום ג', 13.8.13) את העתירה נגד שחרור האסירים במסגרת המו"מ עם הרשות הפלשתינית. הנשיא
אשר גרוניס קבע, כי מדובר בהחלטה המצויה "באופן מובהק בסמכותה ובשיקול דעתה של ממשלת ישראל, בהיותה אחראית על יחסי החוץ והביטחון במדינה".
ארגון אלמגור ומשפחותיהם של עשרות קורבנות פיגועים עתרו לבג"ץ נגד שחרורם של האסירים, ובהם רבים שדם על ידיהם. גרוניס מזכיר, כי מדיניות ביהמ"ש העליון בכל העתירות בנושא זה הייתה להימנע מהתערבות בהחלטות הממשלה, וכך לדעתו ראוי לנהוג גם הפעם:
"ממשלת ישראל, וצוות השרים שהסמיכה לטפל בנושא, אמונים על שקילת השיקולים השונים בקבלת ההחלטה. לממשלה נתונים הכלים הרלוונטיים לקבלת החלטות מסוג זה, ועליה מוטלת האחריות לקבלן. אי לכך, ההלכה הנוהגת בבית משפט משך שנים היא כי מתחם ההתערבות של בית המשפט במקרים מסוג זה הוא מצומצם ביותר, וכך ראוי שיהיה".
עוד דחה בג"ץ את הבקשה לאפשר למשפחות לטעון בכתב נגד שחרורו של אסיר ספציפי, בהתאם לחוק זכויות נפגעי עבירה, ולהאריך את פרק הזמן בין ההחלטה על השחרור לבין השחרור בפועל, העומד על 48 שעות. גרוניס ציין את התחייבות המדינה לפיה נוהל 48 שעות יופעל לפני כל פעימה של השחרור, והזכיר שארגון אלמגור קיבל כבר לפני מספר חודשים רשימה חלקית של האסירים העשויים להשתחרר.
גרוניס מסיים: "אין חולק כי הסוגיה המונחת לפתחנו היא סוגיה קשה ורגישה. ליבנו עם בני משפחותיהם של נפגעי פעולות הטרור, שכאבם גדול הוא ואין בידינו לרפאו. ההחלטה על שחרור אסירים, ובפרט אסירים שמרצים עונשים כבדים בגין עבירות חמורות, היא החלטה קשה ביותר. בטוחים אנו כי הגורמים המוסמכים החליטו את אשר החליטו בלב כבד, ותוך התייחסות לכאבן ולעמדתן של המשפחות השכולות".
השופט
אליקים רובינשטיין, אשר לדבריו הצטרף בלב כבד למסקנתו של גרוניס, פותח בציינו: "חשבנו על הרוצחים שישוחררו לקבלת פנים של גיבורים, במושב הרשות הפלסטינאית, משל עשו מעשה לאומי גדול בטבחם חפים מפשע על לא עוול; אוי לאזניים שככה ישמעו. ואולם, בית משפט מחויב בעילות משפטיות" ולכן אין מקום להתערבותו.
רובינשטיין מותח ביקורת מרומזת על ההחלטה, באומרו: "ייתכנו שאלות לגיטימיות באשר לתבונת המהלך - מדוע שחרור כמקדמה לקראת מו"מ, שאיני יודע אם הייתה כמותה בעבר, ולא, אם בכלל, בעקבות הישגים והתקדמות במו"מ, שיש לייחל להם; מדוע נושא שארה"ב המתווכת לא הייתה מיישמת לגביה עצמה כתנאי לפתיחת מו"מ אם בכלל, הוא כשר כתביעה פלסטינאית כזאת מישראל. כל אלה שאלות ציבוריות לגיטימיות; אבל אנו במשפט עסקינן, ולומר שהחלטת הממשלה בנושא שלא כל פרטיו ידועים לנו כבית משפט היא בלתי סבירה באופן קיצוני, אין בידינו, ולכן לא נחצה גבול ההתערבות וגבול מה שעליו הופקדנו".
השופט
צבי זילברטל הצטרף לפסק דינו של גרוניס. את אלמגור ייצג עו"ד נפתלי ורצברגר, ואת המדינה - עוה"ד מיכל צוק-שפיר ואמי פלמור.