כאמור, העתירה מתבססת על סדרת חשיפות על מעשיו של ברכה. להלן שתיים מהפרשות הנחקרות, אשר נחשפו ב-News1:

פרשת השוחד בעיריית אשדוד:

• בעת שהתנהלה על-ידי יאח"ה חקירה סמויה נגד שורה של חשודים בפרשת השוחד בעיריית אשדוד, נפגש ברכה לפחות שלוש פעמים עם חלק מהחשודים (בחודש מרס 2012) וקיים עשרות שיחות טלפון עימם ו/או עם גורמים הקשורים אליהם. ברכה הדליף לחשודים מידע על דבר קיום החקירה הסמויה שנוהלה נגדם; ערב קודם למעצרים הדליף להם על מועד ה"פרוץ" (המעצרים) ואפשר להם לברוח מידית מישראל לפריז (וממנה יצאו למרוקו); לאחר מכן תידרך אותם מתי לשוב ודאג לכך שלא ייעצרו בשדה התעופה בנתב"ג; עם שובם לארץ נפגש עם כמה מהחשודים, תידרך אותם לקראת החקירה והבטיח להם שלא יעצרו בעת החקירה; כמו-כן הבטיח לאחד החשודים המרכזיים שדרכונו לא יילקח ממנו, וכך היה.

• כדי שיוכל להשיג את מטרותיו, פעל ברכה, שכיהן באותה עת בתפקיד ראש חטיבת המודיעין והחקירות באגף החקירות, בעורמה ובתחבולה בקרב צוות החקירה (שנוהל בשעתו על-ידי ראש היחידה הארצית דאז תנ"צ זיוה אגמי).

• כדי לאפשר לו נגישות לצוות החקירה, בלא שיעורר חשד, וכדי שיוכל להשפיע על הצוות - כרצונו ולמטרותיו, הציג תנ"צ ברכה את אחד החשודים המרכזיים כ"מקור מידע מודיעיני" - דבר שלא היה נכון.

• ברכה לא ערך ולא הציג בפני צוות החקירה תרשומות של הפגישות ו/או השיחות ולא ביקש אישור ו/או הסכמה של ראש אגף החקירות דאז ניצב יואב סגלוביץ' לקיום הפגישות ו/או השיחות.

פרשת מעונות ראש הממשלה ושרה נתניהו:

• ברכה מנהל מזה כמה חודשים, בהנחיית היועמ"ש, בדיקה משטרתית בדבר החשדות שהועלו בפרשת מעונות ראש הממשלה בכלל וגב' שרה נתניהו בפרט וכי ניצל לרעה את מעמדו ותפקידו, והדליף מידע מתוך החקירה;

• במקביל, ולמטרותיו האישיות, ונוכח ידיעתו על דבר החקירה הסמויה המתנהלת נגדו, מסר ברכה מידע שקרי לעיתונאים, כאילו קיבל אישור לעבור מבדיקה משטרתית לחקירה משטרתית. "המשיב 4 פעל, כפי שפעל, כדי להפוך את גב' נתניהו ל"בת ערובה בידיו", ולסכל העברתו מתפקידו בעטיה של החקירה הסמויה נגדו", נטען בעתירה.

עוד נכתב בעתירה כי לעותרת נודע שבידי חוקרי מח"ש תלונה של אחד העיתונאים, וכן ראיות משמעותית, בדבר ההדלפה השקרית המתוארת לעיל מצד ברכה. לדברי אנשי אומ"ץ, העיתונאי יואב יצחק מסר להם כי בידיו פרטים נוספים לרבות שמות האנשים להם הדליף ברכה את המידע וכן פרטים על-אודות ראיות חפציות נוספות, אולם הללו לא פורסמו על ידו ואף אינם מוזכרים בעתירה זו על-מנת שלא לפגוע חלילה בחקירה או לשבש אותה.

"לעמדת העותרת יש לפתוח כאמור בחקירה מלאה ולהורות על השעיה. לא יכולה להיות מחלוקת כי חקירת משטרה תיטיב אף עם המשיב 4 בפרשה אשר בעיני הציבור, במקרה הטוב, "חציו חייב חציו זכאי", טען בשם אומ"ץ עו"ד אבינועם מגן. לדבריו, סעיף 59 לחוק סדר הדין הפלילי קובע כי אם נודע למשטרה על ביצוע עבירה, אם על-פי תלונה ואם בכל דרך אחרת, עליה לפתוח בחקירה.

"לשון החוק איננה מקנה למשטרה ו/או למח"ש שיקול דעת בפתיחת חקירה ואף איננה דורשת החלטה של היועץ המשפטי לממשלה על-מנת לפתוח בחקירה. "ברירת המחדל" היא פתיחה בחקירה, כל אימת שנודע על ביצוע עבירה", ציין.

עוד הוסיף כי החלטת היועץ המשפטי לממשלה בנושא היא החלטה מינהלית הנתונה לביקורת שיפוטית. "במקרה דנן, פנתה העותרת אל היועץ המשפטי לממשלה, שוב ושוב כמוזכר מעלה, אולם היועץ בחר שלא להשיב, פרט לתשובה לקונית. לעמדת העותרת עסקינן במקרה ייחודי, הנכנס בגדר החריגים בהם בית המשפט מתערב בשיקול דעתו של המשיב 1 (היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין). לא יכול להיות ספק כי הימנעות מחקירה והשעיה תגרום לפגיעה אנושה באמון הציבור במערכות השלטון, ותביא למסקנה המתבקשת כי לגורמי האכיפה, לא אצה הדרך לבחון את התנהלותם של בעלי תפקידים בכירים, בייחוד של חבריהם למקצוע".

באשר לדרישה להשעיית אפרים ברכה מתפקידו, כתב עו"ד מגן כי הסדר הנכון הינו, קודם חקירה ואחר כך השעיה. "ככל שמתקיימת חקירה, אף אם היא מוגדרת בשמות אחרים, כמו בדיקה ו/או חקירה סמויה ו/או חקירה מודיעינית, הרי שלאור האמור יש מקום להשעיה. במקרה ייחודי זה סבורה העותרת כי הגדרות והסייגים הנדרשים מחייבים הרחקת המשיב 4 מהיחידה בראשה הוא עומד אף בשלבי טרום החקירה הרשמית", הבהיר. לדבריו, השעייתו של ברכה מתחייבת במיוחד נוכח החקירות הרגישות המתנהלות ביאח"ה נגד שורה של גורמים, כולל גורמים פוליטיים ועסקיים גדולים, ועקב מעשיו כמפורט בפרסומים ולעיל נגד שרה נתניהו.

"לאור האמור, יתבקש בית המשפט הנכבד ליתן צו המורה למשיבים 1-2 ליתן טעם מדוע לא יורו על פתיחת חקירה פלילית נגד המשיב 4 ומדוע לא ישעו אותו לאלתר או ירחיקו אותו מיחידת החקירות לפחות באופן זמני", לשון העתירה.