נציג ועד קציני הים בנמל אשדוד, אפרים מרקוביץ, היה מצוי ב
ניגוד עניינים מהותי כאשר דן במועמדותו של יובל כהן לתפקיד חובל גוררת, בשל הסכסוך הארוך והקשה בין כהן לבין הוועד. שופטת בית הדין הארצי לעבודה,
נטע רות, הורתה (18.10.15) לנמל לכנס מחדש את ועדת המכרזים לאיוש התפקיד, וקבעה שנציג העובדים בה לא יבוא משורותיו של אותו ועד.
בין כהן לבין האיגוד קיים סכסוך הנמשך מזה מספר שנים, ואשר גם הוביל להליכים משפטיים. מאז 2008 הפסיד כהן מספר פעמים במכרזים פנימיים לתפקיד חובל גוררת - פיקוד על כלי השיט המכניס ומוציא את הספינות בנמל. בשנת 2012 התמודד כהן שוב, במכרז שנדון בידי ועדה בה היו חברים הסמנכ"לים דאז
עובדיה כהן ואלדד וקסמן ויו"ר ועד קציני הים, אפרים וינר. האחרון הוחלף במרקוביץ לפי דרישתו של כהן, אך פסק דינה של רות קובע, כי לא היה בכך כדי למנוע את ההטיה נגד כהן.
רות מצטטת את חוות דעתו של מרקוביץ, שנכתבה מבלי שהייתה לו היכרות קודמת עם כהן, ולפיה כהן הוא "בלתי אמין בעליל, נראה ששקרים הם חלק משגרת יומו בשום פנים ואופן אין להפקיד בידיו של כהן את הפיקוד על כלי שיט". עוד היא מציינת, כי מרקוביץ העניק לכהן ציונים נמוכים ביותר בכמה פרמטרים, בניגוד לציון +6 שהוא קיבל ממכון האבחון החיצוני שבחן את המועמדים.
עוד מזכירה רות, כי בשנת 2011 העידה חברת נמל אשדוד, בהליך משפטי אחר, על יחסו של הוועד לכהן: "חומרה מיוחדת יש לייחס לאופן בו מתנהל הארגון היציג כנגד שניים מעובדיו (רב-חובל אופיר בר ומר יובל כהן), אשר העזו להעיד במסגרת ההליך המשמעתי כנגד עובד אחר, והדבר הופך אותם, בעיני האיגוד כמובן, למוקצים מחמת מיאוס... הנה כי כן, עדותם של בר וכהן בהליך המשמעתי בעניינו של איגור גולובנבסקי (גולן), שהוא נשוא הליך זה, כבר עלתה להם ב'חרם' מטעמו של ארגונם היציג והוועד הפועל מטעמו אצל המשיבה".
מסקנתה של רות היא, כי מרקוביץ הפעיל שיקולים זרים בדיון בעניינו של כהן, וכי כל נציג אחר של הוועד יהיה מצוי בניגוד עניינים דומה. היא קבעה, כי על הנמל להקים ועדה חדשה בה לא יהיה חבר איש מבין אלו שהיו חברים בוועדה שהחלטתה נפסלה. עוד נקבע, כי נציג העובדים בוועדה החדשה לא יהיה איש ועד קציני הים.
סגנית הנשיא ורדה וירט-ליבנה, השופטת סיגל דוידוב-מוטולה ונציגי הציבור מיכה ינון וראובן רבינוביץ הסכימו עם רות. את כהן ייצגו עוה"ד אורה בר-גיל ופנינה בכר, ואת הנמל - עוה"ד חיה ארמן, תמר בכר וחופית כהנא-רוח.