מבקר המדינה, יוסף שפירא, לא ימשיך לבדוק את הטענות לשחיתות שמעלה מזה למעלה מעשור רפי רותם, חוקר לשעבר ברשות המיסים. שפירא החליט, כי חלק מטענותיו של רותם יועברו לגורמים הרלוונטיים משום שאינן בתחום סמכותו, וחלק אין מקום לבדוק כלל.

לצד זאצ הודיע (4.7.16) עוזרו של שפירא, עו"ד דוד נהיר, כי המבקר יהיה מוכן לבדוק טענות נגד התנהלות רשות המיסים שהעלו 15 חוקרים אחרים במכתב שכתבו לפני שנים אחדות. נהיר מדגיש, כי על החוקרים למסור תחילה למשרד המבקר למסור בכתב את המידע המצוי ברשותם, הם יוכלו להשלים בעל-פה, ורק אם יתברר שהוא כחדש ורלוונטי - ייבדקו טענותיהם.

רותם מנהל מזה כ-15 שנה מאבק נגד רשות המיסים, תוך שהוא מעלה טענות לשחיתות של בכירים בה, מבקש צו הגנה על חושפי שחיתות וחוזר בו. נהיר מציין, כי רותם "הפציץ" את משרד המבקר במאות פקסים, למרות שלא היה בהם חידוש ולמרות שלא היו לו ראיות, וכאשר לא היה שבע רצון מתשובותיהם של שפירא וקודמו, מיכה לינדנשטראוס - התבטא בצורה גסה ואף מאיימת כלפיהם וכלפי עובדי המשרד.

לפנים משורת הדין, פעל שפירא כדי להעניק לרותם זכויות כלכליות, שנשללו ממנו לאחר פיטוריו - שאושרו בידי שלוש ערכאות משפטיות. לבסוף סוכם, כי הוא יקבל פיצויים של 750,000 שקל וגמלה המוערכת ב-500,000 שקל. למרות זאת, אומר נהיר, נהג רותם בכפיות טובה והמשיך להטריד ולהשמיץ את משרד המבקר.

בנקותו את השולחן מכל תלונותיו של רותם, קבע שפירא שחלק מהן מצויות בסמכות נציבות הביקורת על הפרקליטות. מדובר בטענותיו כלפי פרקליטת מחוז ת"א דאז, רות דוד, שענייניה כבר נבדקים בידי הנציבות; וכלפי מנחם מזרחי, אז בפרקליטות וכיום שופט בית משפט השלום בראשון לציון.

רותם העלה טענות למעשים פלילייפ, ואותן מגלגל שפירא לפתחם של היועץ המשפטי לממשלה והפרקליטות. בין היתר טען רותם, כי מקור של רשות המיסים נרצח, וכי רפי עמיאל - כיום בכיר ברשות המיסים - מעורב בעבירות פליליות. שפירא אינו מביע דעה לגבי טענות אלו, ואומר שהיועץ והפרקליטות יוכלו לטפל בהן בכל דרך שימצאו לנכון. לצד זאת, החליט שפירא שלא לבדוק את טענתו של רותם לליקויים בתפקודו של מי שהיה מנהל הרשות, איתן רוב, באומרו שחלפו למעלה מעשר שנים מאותם אירועים.

שפירא העביר לבדיקת מח"ש את טענותיו של רותם לגבי יחסה של המשטרה אליו, לרבות טענות על אלימות, תנאי כליאה בלתי הולמים ומניעת טיפול רפואי - כל זאת כאשר נעצר משום שמחאותיו עברו את גבול הלגיטימי. לסיום אומר נהיר, כי טענותיו של רותם מתייחסות לאירועים בשנים 2005-2002, רובן נבדקו כבר בשנת 2007 ואין מקום לבדיקה מחודשת שלהן בידי משרד המבקר.