התובע המיוחד בפרשה הרוסית, רוברט מולר, שלח בסוף מארס מכתב לשר המשפטים, ויליאם באר, בו הסתייג מכך שבאותה עת הציג באר את ממצאי החקירה כאילו הם מטהרים את הנשיא דונלד טראמפ מאשמת שיבוש הליכים - חושף (יום ד', 1.5.19) ניו-יורק טיימס.

מולר הגיש את הדוח שלו ל-באר ב-22 במארס. יומיים לאחר מכן שלח באר מכתב לקונגרס ובו כתב, כי מולר לא מצא ראיות לקנוניה בין קמפיין טראמפ לרוסיה. עוד כתב באר, כי מולר לא כלל בדוח שלו מסקנה בנוגע לשיבוש, ולכן הוא עצמו וסגנו דאז, רוד רוזנשטיין, הם שהחליטו שאין די ראיות נגד טראמפ בנושא זה.

כאשר פורסם הדוח לפני שבועיים התברר, כי השורה התחתונה של מולר בנושא השיבוש הייתה מורכבת בהרבה. הוא כתב, כי מאחר שאין לו סמכות להעמיד לדין נשיא מכהן, אין הוא קובע שטראמפ שיבש את ההליכים אך גם אינו מנקה אותו. עוד ציין מולר, כי הקונגרס הוא הרשאי לקבוע האם טראמפ שיבש הליכים - דהיינו, האם להעמידו לדין בסנאט. הפער המשמעותי בין הדוח לבין המכתב עורר ביקורת קשה מצד הדמוקרטים, הטוענים ש-באר מתנהג כמו עורך דינו האישי של טראמפ.

המכתב ששלח מולר ב-28 במארס מצביע על עומק חילוקי הדעות בין השניים, והוא מהווה תוספת משקל משמעותית לפרסומים קודמים בדבר התרעומת מצד חלק מאנשיו של מולר על האופן בו הציג באר את הדוח והמסקנות. המכתב לא הגיע במלואו לידי הטיימס, אך דוברת משרד המשפטים אישרה, כי מולר "הביע תסכול מחוסר ההקשר" בו הציג באר את ממצאיו. עם זאת, הדגישה, מולר לא טען שמשהו במכתבו של באר היה כוזב או מטעה. באר ומולר שוחחו מספר ימים לאחר מכן, ובאר עמד על דעתו לפיה מכתבו היה מדויק.

באר יעיד הערב בפני ועדת המשפטים של הסנאט בנוגע לדוח מולר. הדמוקרטים בוועדה הזמינו גם את מולר להעיד, אך עד כה לא נקבע מועד לעדותו ולא ברור האם אכן יעיד.

בתחילת אפריל, לפני פרסום הדוח במלואו, נשאל באר בסנאט האם הוא סבור - כפי שטוען טראמפ - שחקירתו של מולר הייתה "ציד מכשפות". הוא השיב: "זה תלוי בנקודת המבט שלך. אם אתה מואשם במשהו שלא עשית, אתה נוטה לראות בזה ציד מכשפות". בסוף 2018, בשימוע על אישור מינויו, נשמע באר נחרץ הרבה יותר: "אני לא חושב שמר מולר יהיה מעורב בציד מכשפות", אמר.

באר ספג ביקורת קשה גם על מסיבת העיתונאים שקיים ב-18 באפריל, יום פרסום הדוח. הוא חזר שוב ושוב על המנטרה של טראמפ: "לא הייתה קנוניה". זאת, למרות שהמילה "קנוניה"
(collusion) כלל לא נזכרת בדוח, שכן אין עבירה פלילית שכזאת; מולר קבע שלא הייתה קשירת קשר בין הקמפיין ואנשיו לבין רוסיה, אשר - כפי שהוסיף וקבע - פעלה בצורה נמרצת לסייע לבחירתו של טראמפ.