בתי הדין המיוחדים לגיור לא יהיו כפופים עוד להנהלת בתי הדין הרבניים, אלא יועברו ממשרד המשפטים למשרד ראש הממשלה. כך החליטה הבוקר (יום א', 11.7.04) הממשלה בישיבתה השבועית.
בהחלטה, שהתקבלה בעקבות דרישת הסוכנות היהודית ומנהיגי האיגודים בתפוצות, בשל העיכובים והקשיים שהיו לעולים חדשים שסיימו את לימודיהם לגיור, נקבע כי בראש מערך הגיור החדש יעמוד הרב חיים דרוקמן.
שר הרווחה, זבולון אורלב (מפד"ל), התנגד בממשלה להעברת בתי הדין לגיור למשרד ראש הממשלה, ודרש מראש הממשלה כי כל שינוי במעמדם האירגוני של בתי הדין לגיור ייעשה אך ורק בהסכמת נשיא בית הדין הרבני הגדול, הראשון לציון הרב שלמה עמאר.
אורלב גם ביקש כי שרון ייעתר לבקשת הרבנות הראשית לישראל ויעביר את בתי הדין לגיור לרבנות הראשית, הנמצאת במשרד ראש הממשלה, מאז פורק משרד הדתות.
לבסוף, החליטה הממשלה להעביר את בית הדין לגיור למשרד ראש הממשלה, אולם עם זאת, יוקם צוות מקצועי המורכב ממזכיר הממשלה, מנכ"ל משרד ראש הממשלה, ומנכ"ל הרבנות הראשית, אשר יקבע את מקומם של בתי הדין לגיור במשרד ראש הממשלה.
במרכז לפלורליזם יהודי (התנועה ליהדות מתקדמת) אמרו בתגובה, כי ההחלטה היא הזדמנות אחרונה של הממסד האורתודוקסי לאמץ מדיניות גיור שקולה.
אחד מאנשי המרכז, גלעד קריב, אמר כי הכללת הגיור בשירותי הדת הממלכתיים תחייב את הממשלה להכיר במסלולי הגיור של כל הזרמים ולתמוך בהם באופן שווה.
