בית משפט באינדונזיה דן את אבו באכר באשיר לשלושים חודשי מאסר, לאחר שהורשע בקשירת קשר לביצוע הפיגוע במועדון הלילה באי באלי בשנת 2002, בו נהרגו 202 בני אדם.
עם זאת,זוכה באשיר מהאשמה שתכנן את הפיגוע וכן מתכנון הפיגוע במלון מריוט בג'קרטה הבירה, שנערך בשנת 2003, בו נהרגו 12 בני אדם. בית המשפט קבע, כי "לא עדי התביעה ולא עדי ההגנה אמרו שהנאשם תכנן או סייע לאחרים להוציא את הפיגוע לפועל".
אוסטרליה וארצות הברית מאשימות את באשיר כי הוא משמש "אב רוחני" של ארגון אל-קאעידה וקשור גם בארגון הטרור "האחרים המוסלמים".
אם היה בית המשפט מרשיע את באשיר באחריות לפיגוע במלון מריוט על-פי חוקי אנטי-טרור ככל הנראה היה מוצא להורג על-ידי כיתת יורים.
לכתבים אמר באשיר בטרם החל המשפט, כי הוא חף מפשע וכי הואשם על-ידי הנשיא האמריקני, ג'ורג' בוש, ו"העבד שלו" ראש הממשלה של אוסטרליה, ג'ון הווארד. "כולם יודעים, תלמידי בית ספר יודעים, שזה בוש והעבד שלו, ג'ון הווארד". עוד אמר באשיר, כי הוא מתנגד לטרור. "כלפי הטרור - אנחנו חייבים להיות קשוחים. אבל לא ההגדרה של טרור בהתאם לג'ורג' בוש. ההגדרה שלו היא שכל אלה אשר אינם מרוצים מהאינטרסים שלו - הם טרוריסטים".
