צה"ל השלים את השתלטותו במחנה הפליטים בג'נין. על-פי ההערכות, נפגעו למעלה מ-200 פלשתינים. עם תום הקרבות במחנה, ומשלא נעתרו הפלשתינים לקבור את מתיהם, מתכוון צה"ל לקבור בעצמו את גופות הפלשתינים.
ואולם, קבורת המחבלים ההרוגים מתעכבת, לפחות עד יום א', נוכח צו זמני שהוציא נשיא בית המשפט העליון אהרן ברק בערב שבת בעתירה דחופה שהוגשה בפניו. הנשיא הורה לקיים דיון דחוף בעתירה ביום א', בהרכב שלושה שופטים. העתירה הוגשה על-ידי ארגון עדאלה, עמותת קאנון וחברי הכנסת מומחד ברכה (חד"ש) ואחמד טיבי (תע"ל). העותרים מיוצגים על-ידי עו"ד ג'מיל דקואר.
על-פי התוכנית המקורית, נערך צה"ל להכניס כבר ביום ו' (12.4.02) למחנה כוחות חי"ר, בליווי אנשי הרבנות הצבאית, לאסוף את הגופות ולהביאם לקבורה.
בצה"ל הוחלט כי גופות אזרחים יועברו לבית החולים בג'נין, ולאחר מכן יובאו לקבורה. גופות שצה"ל יזהה כמחבלים יקברו בבית קברות מיוחד בבקעת הירדן.
ההסברים לקבורת הגופות, שונים. מקורות ישראלים טוענים, כי זהו ניסיון למנוע מהפלשתינים לנצל את הגופות למטרות תעמולה כנגד פעולות צה"ל בשטחים, ולהציגן כראיה לטבח כביכול שבוצע באוכלוסיה הפלשתינית. מניע נוסף הוא תברואתי - מניעת התפרצות מגיפות, לאחר שהגופות מוטלות במחנה ימים רבים.
גורמים פלשתינים טענו, כי צה"ל מנסה להסתיר את מספר ההרוגים הרב, לאחר שסירב להכניס למחנה צוותים רפואיים לפינוי הפצועים וההרוגים. עוד הטיחו הגורמים הפלשתינים, כי צה"ל קבר ביום ה' עשרות גופות בקבר אחים המוני שכוסה על-ידי דחפורים של צה"ל. בצה"ל הכחישו את ההטענות. לדברי מקורות ישראלים, החליט צה"ל לקבור את הגופות לאחר שהיו בסכנת ריקבון.
