תוכנית "חוף נקי", ביוזמת המשרד לאיכות הסביבה, בשיתוף רשות הטבע והגנים, החלה לפעול לראשונה בסוף חודש יוני 2005, כאשר מטרתה היא יצירת שינוי מהותי והעלאת המודעות הציבורית למצב ניקיון החופים הבלתי מוכרזים לאורך הים התיכון בישראל ובמפרץ אילת.
במשך ארבעה חודשים ביצעו פקחי ים וחופים של המשרד לאיכות הסביבה, פקחי רשות הטבע והגנים ומתנדבים פעילויות ניקיון, הסברה לציבור ואכיפה אינטנסיביות בחופים הבלתי מוכרזים ברחבי הארץ שכללו חלוקת 40,000 שקיות פסולת שתכולתן הכוללת היא 120 טון, הוצאת 6 התראות לפני צו ניקוי, הוצאת 2 צווי ניקוי לראשי רשויות מקומיות אשר לא ניקו את החופים כמוסכם או שלא השתתפו בתוכנית מלכתחילה וחופיהם נותרו מלוכלכים והגשת 29 דוחות ניקיון לציבור אשר בילה בחוף ולא שמר על ניקיונו.
כמו כן נערכו מבצעי ניקיון רבים בשיתוף גופים ואישים רבים אשר נרתמו לתוכנית, כדוגמת ליגת קיט סרפינג של עמית ענבר, פעילויות חטיבת בני המושבים, יום ניקיון של חיילי חיל הים ועוד.
בנוסף, נערכה בדיקה עקבית מידי שבועיים על-ידי אנשי המשרד לאיכות הסביבה ופקחי רשות הטבע והגנים, שבחנה את אופן טיפולן של הרשויות המקומיות השונות, שבשטח אחריותן חופים בלתי מוכרזים, מבחינת ניקיון ותחזוק החופים- בדיקה זו תורגמה ל"מדד ניקיון חופים" מדד ראשון מסוגו בעולם שמתעדכן תמידית (גם בחודשי בחורף) באמצעות ציונים שניתנים לחופים השונים.
בתוכנית, אשר עתידה להימשך ב-3 השנים הבאות, השתתפו עד היום 24 מתוך 27 מהרשויות המקומיות, שבשטחן השיפוטי חופים בלתי מוכרזים, במסגרת שיתוף הפעולה 70% מעלויות ניקוי החוף בשטח הרשות המקומית מומן מתקציב תוכנית "חוף נקי" ו- 30% ממומן על-ידי הרשות המקומית, כאשר פעילות זו ממשיכה גם בחודשי החורף.
רני עמיר, ראש תוכנית "חוף נקי" מאגף ים וחופים של המשרד לאיכות הסביבה: "ניתן לומר שתוכנית "חוף נקי" אכן השיגה את מטרתה וזכינו להיענות רבה מהציבור הרחב. חל שיפור ניכר במצב ניקיון החופים הפתוחים בהשוואה לנקודת ההתחלה ומדד ניקיון החופים משקף זאת בצורה הטובה ביותר. הרשויות המקומיות מתחילות להפנים את האחריות שלהן על החופים הפתוחים- עובדה שכלל לא הייתה ברורה בשלבי ההתחלה. אנו בתחילתו של תהליך בן 3 שנים אשר בסופו אנו מקווים כי שמירת ניקיון החופים הפתוחים תיטמע כנורמה חברתית, שתסייע לשמירת החי והצומח בחופים אלה - משאב תרבותי, כלכלי וסביבתי בעל ערך".
בישראל כ- 190 ק"מ של חופים בים התיכון וכ- 14 ק"מ חופים במפרץ אילת, כאשר כ- 130 ק"מ מתוכם הינם חופים בלתי מוכרזים, העשירים בחי ובצומח.
מרבית החופים הפתוחים והבלתי מוכרזים סובלים מהזנחה והצטברות של פסולת מוצקה, המהווה מפגע אסתטי, בריאותי ובטיחותי לציבור ולבע"ח ימיים וחופיים, כאשר מרביתה של פסולת זו (מעל 70%), מקורה בציבור לא אחראי המבלה בחופים אלו ומשאיר אחריו שאריות לכלוך.
תוכנית "חוף נקי", אשר מטרתה העלאת מודעות הציבור לחשיבות שמירת ניקיון החופים הבלתי מוכרזים, הזמינה את הציבור הרחב לקחת חלק בניקיון חופים אלה ולתרום חלקו לשמירה על חופים אלו ועל דייריהם.