הסמכות להחליט על פעולות צבאיות ולנהלן
בחוק-יסוד: הצבא נקבע, כי צה"ל נתון למרות הממשלה, וכי השר הממונה מטעם הממשלה על הצבא הוא שר הביטחון. לפי חוק-היסוד, הדרג הפיקודי העליון בצבא הוא הרמטכ"ל, הנתון למרות הממשלה וכפוף לשר הביטחון. מבחינה משפטית, לראש הממשלה אין סמכות מיוחדת בקשר לצה"ל, אלא הכפיפות הצבאית היא לממשלה באמצעות שר הביטחון. למרות זאת, לראש הממשלה נתון מכוח נוהג חוקתי מעמד בכיר מיוחד בתחום הביטחון הלאומי, ובפועל, בכפיפות להחלטות הממשלה, הנחיות שר הביטחון לצבא ניתנות על דעת ראש הממשלה ובמקרים מיוחדים ההנחיות לצבא עשויות להינתן אף באופן ישיר על-ידי ראש הממשלה.
הממשלה ושר הביטחון רשאים להורות לצבא כל הוראה שימצאו לנכון, לא רק בעניינים אסטרטגיים אלא גם בעניינים טקטיים ואופרטיביים מובהקים (ומה גם שלעיתים קשה להבחין בין עניינים אסטרטגיים לעניינים טקטיים). הצבא כפוף באופן מוחלט להוראות הדרג האזרחי (כל עוד אלה אינן בלתי-חוקיות בעליל). עם זאת, על הממשלה להשתמש באופן מתון וזהיר בסמכותה לתת לצבא הוראות בעניינים טקטיים ואופרטיביים שאין להם השלכות מדיניות. זאת כדי לא לפגוע בחלוקת העבודה הנורמאלית בין שני הגופים, במיקוד האחריות של כל אחד מהם ובאוטונומיה המקצועית של הצבא.
בחוק-יסוד: הממשלה נקבע בסעיף 40, כי "המדינה לא תפתח במלחמה אלא מכוח החלטת הממשלה". עם זאת, בסעיף נקבע, כי אין בו "כדי למנוע פעולות צבאיות הנדרשות למטרת הגנה על המדינה וביטחון הציבור". כן נקבע בסעיף, כי "הודעה על החלטת הממשלה לפתוח במלחמה... תימסר לוועדת החוץ והביטחון של הכנסת בהקדם האפשרי; ראש הממשלה ימסור את ההודעה בהקדם האפשרי גם במליאת הכנסת; הודעה על פעולות צבאיות... תימסר לוועדת החוץ והביטחון של הכנסת בהקדם האפשרי". הגם שיש פנים לכאן ולכאן אם הפעולות המתנהלות כעת הן בגדר "מלחמה" במלוא מובנה, הרי שלנוכח משמעותן העקרונית של הפעולות, טוב נעשה כאשר המדיניות שביסודן הובאה לאישור הממשלה וראש המשלה דיווח עליה לכנסת.
החוקיות של פעולות צה"ל
פעולות צה"ל כפופות לעקרונות המשפט הישראלי החוקתי והמינהלי, משום שצה"ל - גם כשהוא פועל מחוץ לגבולות המדינה - פועל כרשות של מדינת ישראל. בנוסף לכך הן כפופות לדינים הרלוואנטיים של המשפט הבינלאומי (אף כי חלק מהדינים האלה, שהותאמו למלחמות קונבנציונאליות בין מדינות, אינם תואמים מאבק בארגוני טרור). כללית, המשפט משאיר שיקול-דעת רחב מאוד לממשלה ולצבא בניהול פעולות מלחמתיות של המדינה. עם זאת, שיקול-הדעת אינו מוחלט. בין היתר, אסורה פגיעה מכוונת באזרחים (אם כי נראה שמותר להפציץ אתרים שמהם נורית אש לעבר ישראל כדי להפסיק את ההפצצות, אפילו אם שוהים באתרים אלה גם אזרחים).
חופש הביטוי והפרסום
חופש ביטוי ופרסום רחב ביותר קיים בישראל גם בתקופות של לחימה. מותר למנוע פרסום, למשל על-ידי הצנזור הצבאי, רק אם קרוב לוודאי שהפרסום יסכן באופן ממשי חיי אדם או את בטחון המדינה (למשל, מסירת פרטים מדויקים על מקום הנפילה של טיל, מיד לאחר הנפילה, העלולה לסייע לאויב בכוונון היריות הבאות). עם זאת, קשה לאכוף הגבלות כאלה בעידן הגלובליזציה והאינטרנט.
פיצויים על נזקים
מכוח חוק, תושבי המדינה זכאים לפיצויים מאת המדינה על נזקי רכוש ונזקים אחרים שנגרמו להם כתוצאה מפעולות מלחמה וטרור. יש פנים לכאן ולכאן בשאלה, עד כמה פיצויים אלה יקיפו גם נזקים עקיפים (כגון עקב פגיעה בתיירות).