המלאכים
לפי הרמב"ם, ברור כי המלאכים אינם גשמיים, על כל הנובע מכך. הדבר סותר את פשט הכתובים, כי צריך לפרש בכל מקום בו מופיע מלאך ומסופר על גשמיותו - באופן שלא מותיר שום צורה ושום פעולה למלאך, לאמור, אם מדובר במלאך הרי מדובר במראה הנבואה או בחלום, כי במציאות - אין מלאך כלל.
הרמב"ם אומר במורה הנבוכים, חלק שני פרק מ"ב: "כבר בארנו שבכל מקום שנזכר ראיית מלאך או דיבורו, שאין זה אלא במראה הנבואה או בחלום, בין שפורש הדבר ובין שלא פורש".
להלן שתי דוגמאות לפירושו של הרמב"ם כאמור:
א. מדובר במלאך, והמעשה הוא מראה הנבואה/חלום: הופעת שלושת המלאכים בפני אברהם אבינו באלוני ממרא, וכן גם מאבק יעקב עם המלאך.
ב. מדובר במעשה מן המעשים, ואין שם מלאך: בפרשת חוקת, במדבר כ' ט"ז כתוב: "ונצעק אל ה', וישמע קולנו, וישלח מלאך ויוציאנו ממצרים", והרמב"ם מפרש: "והנה בארנו כי שם מלאך משותף, ושגם הנביא נקרא מלאך, כמו שאמר הכתוב וישלח מלאך ויוציאנו ממצרים". לאמור, כאן מכונה הנביא משה - כמלאך (כל הדוגמאות הן מתוך מורה הנבוכים הנזכר, ויש שם דוגמאות נוספות).
פרה אדומה
לפי רבנו בחיי, בפירושו לפרשת חוקת, מצוות התורה מתחלקות לשלוש קבוצות:
א. עדות - אלה המצוות המקובלות שהן עדות גמורה על חידוש העולם או על האלוהות, כגון - מצוות השבת, מצוות שמיטה ועוד.
ב. משפטים - אלו המצוות המושכלות אשר הן ברורות בטעמיהן כגון - לא תרצח, לא תגנוב, ועוד מצוות המובנות לאדם בשכלו.
ג. חוקים - אלו מצוות שאין טעמן נגלה בתורה, ובכללן פרה אדומה הכלולה בפרשת חוקת.
יש מחלוקת לגבי טעמיהן של המצוות. לפי הרמב"ם בחיבורו מורה הנבוכים חלק ג' פרק כ"ו, ההבדל בין החוקים והמשפטים הוא בכך שאת המשפטים - ההמון מבין ומכיר בתועלתיותם, ואילו את החוקים - ההמון מקבל מבלי להבין כלל את טעמיהם.
ההמון - אך לא מעבר לכך: משמע, לפי הרמב"ם, לכל מצוות התורה יש טעמים, ויש לחקור ולבדוק מהם טעמי המצוות לרבות החוקים שבהן. ובלשונו שם: "ואלה הנקראים חוקים כגון השעטנז, ובשר בחלב, ושעיר המשתלח, אשר דיברו עליהן להרהר בהן והשטן מקטרג עליהן ואומות העולם משיבין עליהן, אין המון החכמים סוברים שהם דברים שאין להם טעם כלל ולא נדרשה בהן תכלית, לפי שזה מביא למעשי ההבל כפי שהזכרנו, אלא סוברים המון החכמים שיש להם טעם, כלומר תכלית מועילה בהחלט, אלא שהיא נעלמת ממנו, אם מחמת קוצר שכלנו או לחוסר ידיעתנו, והנה כל המצוות לדעתם יש להן טעם".
בהמשך כותר שם הרמב"ם: "וכיוון שהדבר כך, ראיתי לחלק את השש מאות ושלוש עשרה מצוות לקבוצות מספר ... ואודיעך טעם כל קבוצה מהן ... עד שלא יישאר מהן אלא מקצת מצוות מועטות מאוד והם אשר לא נתברר לי טעמן עד כה".
אכן, הקבוצה הכי קשה לפענוח מבחינת הבנת טעמי המצוות היא הכוללת את דיני הטהרה. בכלל קבוצה זו גם פרה אדומה. הרמב"ם מנסה לבאר טעמי מצוות אלו והעקרונות שלו בכך הם:
א. המטרה בבית המקדש הייתה לגרום לעם להתפעל מהמעמד.
ב. מטרה להגברת היראה.
ג. מטרה להתרחק ממנהגי הגויים שזבחו ושרפו בטקסים דתיים אנשים חיים - להבדיל מבעלי חיים. כמו-כן, התרחקות ממנהגי הגויים בשריפת החיות המקודשות להם.
ד. המטרה לסיים במהירות ובקלות את מצב הטומאה.
אף כי אפשר להבין במידת מה את טעמי המצוות הללו שהם קשים להמון ומעסיקים חכמים להגות בהם, עדיין לא יכול להיות ברור מדוע בחר ה' בשני בני יונה דווקא ולא בשלושה או בעשרה, ומדוע ביכר למצוות הטהרה כף סולת דווקא, וכיוצא בזה (ראה מורה הנבוכים חלק שלישי פרק מ"ז).
הישארות הנפש
היעדר צורתה של הפרה האדומה נעשה על-פי הרלב"ג על-ידי שחיטתה (צורה היא כל מה שמעבר לחומר, מעבר לגוף). הרלב"ג דן במותר האדם בפרשת חוקת בעקבות מצוות פרה אדומה הזכורה בפרשה זו, ומדרג את היקום כך:
דומם - חסר צורה.
צומח - זן ומתרבה.
בעל חי - זן, מתרבה, חש.
אדם - זן, מתרבה, חש, מדבר (חושב).
לפי הרלב"ג בפירושו לפרשת חוקת ובספרו מלחמות השם, הצורה נותרת אחר המוות במצב בו התגבשה בתקופת החיים, כלומר אין לצורה שום התפתחות לאחר המוות. הצורה היא חכמת האדם שאין לה שום דרך להתפתח לאחר מניעת החומר ממנה.
להלן ציטוט מדבריו בספר מלחמות השם, מאמר ראשון, פרק י"ג: "ראוי שנדע שאי-אפשר שיקנה אחר המוות מושכל, לא השיג אותו בחייו, כי אין לו הכלים אשר יושג בהם המושכל והם החושים ושאר הכוחות הנמשכים להם כמו כוח הדמיון והכוח הזוכר".
הרלב"ג טוען כי הישארות הנפש היא החוכמה המתגבשת בתקופת החיים, והביטויים השגורים מחכמת חז"ל כגון "כל ישראל יש להם חלק בעולם הבא" אינם דברים מדויקים ו"אין למדים מן הכללות", כי זהו מנהג הדיבור ותו לא.
