בשנת 1968 התגייס לצה"ל והתנדב לחטיבת הצנחנים, שם עבר הכשרה כלוחם, יצא לקורס מ"כים ובהמשך לקורס קצינים. השתחרר מצה"ל לאחר ששימש בין היתר כסגן מפקד פלוגה בגדוד 202 וכמדריך בבית הספר לקצינים בה"ד 1.

בשנת 1972 התגייס לשורות משמר הגבול. בשנים 1981 עד 1985 שירת כקצין אג"ם מג"ב צפון ובמהלך מלחמת לבנון פיקד על כוחות משמר הגבול בלבנון. בהמשך שימש גם כסגן מפקד מג"ב צפון, בשנת 1985 מונה למפקד מג"ב צפון וב-1989 למפקד בסיס ההדרכה של מג"ב. בשנים 1991–1993 שירת כסגן מפקד מג"ב ובשנת 1993 קודם לדרגת ניצב ומונה למפקד משמר הגבול.

בשנת 1998 מונה למפקד מחוז יהודה ושומרון במשטרת ישראל ובשנת 2001 למפקד המחוז הדרומי. בשנים 2002–2004 כיהן כסגן מפכ"ל משטרת ישראל.

נבחר בבחירות לכנסת ה-17 מטעם סיעת 'ישראל ביתנו'. משמש סגן יושבת-ראש הכנסת. חבר בוועדות: וועדת החוץ והביטחון, ועדת הפנים והגנת הסביבה, ועדה למאבק בנגע הסמים, ממלא-מקום בוועדת החוץ והביטחון.

הממשלה החליטה בהחלטה מס. 1307 למנות את חבר הכנסת יצחק אהרונוביץ לשר התיירות (במקום יצחק הרצוג). המינוי אושר בכנסת ביום 21.3.2007. ביום 24.2.2009 נבחר לכנסת ה-18. כהן בתפקיד השר לביטחון פנים.

ב-9 בינואר 2015 הודיע אהרונוביץ' על פרישתו מהחיים הפוליטיים ועל כך שלא יתמודד בבחירות לכנסת ה-20.

מכהן כיום כיו"ר תעש מערכות בע"מ, יו"ר דירקטוריון חברת מקורות ויו"ר חברת הבת של החברה עשות אשקלון.