במשרד התחבורה שומרים על דממת אלחוט בכל הקשור לפרשה. אולם ל-News1 נודע כי מנכ"ל המשרד, קרן טרנר-אייל, כינסה את עשרות עובדי הרשות הארצית לתחבורה ציבורית והודיעה להם כי גם אם יוסר החשד הפלילי ממנו, לא יוחזר דרור גנון לתפקיד מנהל אגף בכיר תחבורה ציבורית ברשות הארצית לתחבורה ציבורית. זאת משום שגנון הודה בלקיחת כסף שלא כדין, גם אם החזיר את הכסף. סמכויותיו של גנון הועברו לנעה אבירם, מנהלת אגף הפעלה ורישוי. מאז מעצרו של גנון מספרים עובדי הרשות על אווירת נכאים ושיתוק.

גנון נחשד בין היתר כי משך 150 אלף שקלים מכרטיס האשראי של קבלן התקשורת אוהד שחר, שהתקין מצלמות בביתו בנווה אילן. כמו-כן מיוחס לו ניגוד עניינים בדיונים בנושאים הקשורים לקבוצת עפיפי, וכן נטען כי לא שילם למעצב ביתו בנווה אילן את מלוא הסכום המגיע לו עבור עבודתו, וכי את יתרת התשלום - עשרות אלפי שקלים - שילמו בני משפחת סלע המחזיקים בחברת אפיקים.

גנון שוהה בביתו ברמת אילן, אך כבר לא נתון במעצר-בית. הוטלו עליו תנאים מגבילים, ובהם איסור יצירת קשר עם כל המעורבים, הרחקה מכל סניפי משרד התחבורה בארץ וכן הרחקה ממשרדי חברת הייעוץ עדליא. פרקליטו עו"ד אלי כץ אמר כי לא ידוע לו על כוונה להרחיק את מרשו ממשרד התחבורה, והעריך כי העניין יסתיים לכל היותר בדין משמעתי.

על-פי בית המשפט, לחשוד מיוחסות "עבירות שביצע בין השנים 2014 ועד לזמן האחרון, בהן קבלת שוחד, קבלת דבר במרמה, הפרת אמונים, קשירת קשר לביצוע פשע ועבירות על חוק איסור הלבנת הון". עם זאת, הגם שחלפו 20 יום מאז התפוצצות הפרשה, לפי שעה לא הוגש נגדו כתב אישום, ולגנון כמו ליתר המעורבים קיימת חזקת חפות.

אמש (ב') חשפה יפעת גליק בכאן חדשות את עדותו של אדם שעבד תחת גנון בגוף פרטי הקשור למשרד התחבורה, הטוען כי הכין עבור גנון את העבודות לתואר שני שהוגשו לאוניברסיטה העברית בירושלים. לדברי אורי (שם בדוי), ההיכרות עם גנון החלה לפני כעשור. גנון ביקש ממנו, על-פי עדותו, שיעבוד איתו. לגנון הייתה תעודת לימודי תואר ראשון והוא בחר בלימודי תואר שני בגאוגרפיה עם התמחות בלימודים עירוניים ואזוריים.

אורי סיפר כי גנון שפך בפניו את לבו על עבודתו הקשה ושעות העבודה המאוחרות שלו, וציין כי נדרשים לו ראשי פרקים. אורי התנדב לכתוב גם בזמנו האישי אך גם בזמן עבודתו במשרד המשולמת מכספי משלם המיסים. לאחר מכן, כך סיפר, זכה ליחס מועדף מגנון - שכללו מחמאות למנהליו וסיורי פינוקים אצל בני משפחת עפיפי, ששמם נקשר בפרשת השחיתות לכאורה, שאירחו אותו במסעדה בבעלותם, שבה הוגש בטקסיות מוגזמת כלשונו נתח גדול של כבשה.

עוד טען כי גנון העביר אליו אסופה של מאמרים אותם צילם וביקש ממנו להכין עבורו עבודה מהחומר. כך למשל אחת העבודות עסקה ב"הערכת התועלות המטרופוליניות הכלכליות מהארכת הרכבת הקלה אל בית החולים הדסה עין כרם" ואחרת ב"ניתוח המשמעות הסמלית של מבנה שנבנה במרחב העירוני בירושלים בזמן המנדט הבריטי".

אורי: "אפשר היה להבין מהנימה שלו שאני תלוי בו, ולכן כדאי מאוד שאני אעשה את זה. אתה יודע שמסתיים לך המכרז השנה, ממש עוד כמה חודשים, אתה מספיק פיקח להבין איפה זה עומד". ב-2011 סיים גנון בהצלחה את התואר שני, ולדברי אורי, שכיום עובד במשרד אחר, נדרשו לו שנים לאזור אומץ ולספר על כך.

עו"ד אלי כץ, מסר בשמו של גנון: "באשר לטענה על ביצוע עבודה אקדמית בשנת 2009, מדובר בטענה חסרת שחר ומשוללת כל יסוד".