תקציב הפיתוח של רשות שדות התעופה לשנים 2006-2008 מסתכם בכ-709 מיליון ש"ח והוא אושר על-ידי שר התחבורה, מאיר שטרית. מתוך סך כל התקציב, 509 מיליון ש"ח מיועדים לפרויקטים חדשים ו-200 מיליון ש"ח מיועדים לפרויקטים המשכיים.
הפרויקטים העיקריים בהצעת תקציב הפיתוח הם: הקמת מערכת לבידוק טכנולוגי אוטומטי בנתב"ג, השקעה במערכות בקרה ניווט ופיקוח אווירי, מערכות מידע ומיחשוב, השקעות בתשתיות בנתב"ג ובמסופי הגבול.
עיקר ההשקעות מתמקדות בהמשך שיפור השירות לציבור הנוסעים, השקעה בתשתיות תעופתיות, הגברת הביטחון והבטיחות במתקני הרשות השונים.
בנוסף, בכוונת הרשות לקדם סדרה שלמה של פרויקטים שיבוצעו בשילוב הסקטור הפרטי בשיטת BOT. פרויקטים אלו מאופיינים כפרויקטים מסחריים שבהם יש לסקטור הפרטי מומחיות ייחודית ויתרון יחסי.