האגודה לזכויות האזרח עתרה אמש (יום ב', 26.12.06) לבג"צ, בדרישה ליישם את פסק הדין, שניתן בחודש ספטמבר 2005 בעתירתה נגד תוואי גדר ההפרדה באזור אלפי מנשה. בנוסף דורשת האגודה לבטל את הצו לתפיסת קרקעות, שהוצא במסגרת תוואי חדש שהוצע, ואשר לטענתה אינו עולה בקנה אחד עם העקרונות שקבע בג"צ.
העתירה, המופנית נגד מפקד כוחות צה"ל באזור יהודה ושומרון ונגד המועצה המקומית אלפי מנשה, הוגשה על-ידי עו"ד מיכאל ספרד, מטעם האגודה לזכויות האזרח ובשם ראשי חמשת הכפרים הפלשתינים, הכלואים במובלעת שיצרה הגדר באזור.
עו"ד ספרד מדגיש, כי לרשויות האמונות על התכנון לקח שנה ושלושה חודשים להחליט על תוואי חלופי, תוואי, שלדבריו, איננו מרפא את הפגמים שהועלו בעתירה הראשונה, והוא אף יוצר פגיעה קשה בתחומים רבים. העותרים דורשים כי הדיון בעתירתם תישמע בהקדם, שכן לטענתם חלף זמן רב מאז סגרה הגדר על הכפרים, וכי חלף זמן רב מאז ניתן פסק הדין בעתירה הראשונה.
בחודש ספטמבר 2005 קיבל בג"צ את עיקרי העתירה, שהגישה האגודה לזכויות האזרח, ופסל את התוואי הקיים של גדר ההפרדה באזור אלפי מנשה, תוואי אשר יצר מובלעת, שכלאה בתוכה חמישה כפרים פלשתינים, תוך פגיעה קשה בזכויות תושביהם, אשר נותקו מיתר חלקי הגדה המערבית, ורבים מהם גם מאדמותיהם החקלאיות.
בפסק הדין שניתן בהרכב מורחב של תשעת שופטי בג"צ, בראשותו של נשיא בית המשפט העליון (בדימ.), אהרן ברק, קיבלו השופטים אהרן ברק, מישאל חשין, דורית ביניש, אילה פרוקצ'יה, אדמונד לוי, אשר דן גרוניס, מרים נאור, סלים ג'ובראן ואסתר חיות, בפה אחד את עיקרי העתירה וקבעו: גדר ההפרדה, בתוואי הקיים, פוגעת בכ-1,000 פלשתינים באופן בלתי מוצדק ובלתי מידתי, ועל כן יש לפרקה. בית המשפט הורה למדינה למצוא חלופות אחרות שייפגעו פחות בזכויות הפלשתינים באזור אלפי מנשה. בית המשפט פסק, כי ניתן למצוא חלופות ביטחוניות אחרות, שייגרמו לכך שרק אלפי מנשה תהיה בתוך הגדר, ואילו הפלשתינים יהיו בשטח שלהם ויוכלו לחיות את חייהם.
בפסק הדין כתב הנשיא ברק, כי "אכן, חיי התושבים בתוואי הקיים קשים הם. המובלעת יוצרת טבעת חנק סביב הכפרים. היא פוגעת קשות בכל מרקם החיים. השינוי בתוואי, אשר יוציא את הכפרים מחוץ למובלעת, יפחית במידה רבה את הפגיעה בתושבים המקומיים".
לטענת האגודה, עבודת המטה שבוצעה בעקבות פסק הדין, אף שנמשכה זמן רב, הניבה תוואי דומה מאוד לתוואי הקודם שנפסל, תוואי פוגעני ביותר אשר ממשיך לכלוא שניים מכפרי המובלעת ב"צד הישראלי" של הגדר ולנתק את הכפרים מחלקים נרחבים של אדמותיהם. כמו כן, נאמר בעתירה, משרת התוואי המוצע מטרות, שהוכרזו על-ידי בג"צ כבלתי לגיטימיות, באשר הן אינן מטרות ביטחוניות, אלא מטרות של התיישבות עתידית וסיפוח בפועל של שטחים לתחומי ישראל.
את נימוקיהם לעתירה מפרטים באגודה ואומרים כי צו התפיסה, שהוצא בהתאם לתוואי ה"מתוקן", אינו חוקי, וזאת מאחר שהתוואי החדש ייצור סיפוח של שטח כבוש וכי מדובר בתפיסת אדמה שלא לצורך צבאי. בנוסף טוענת האגודה כי התוואי עליו הוחלט מפר את עיקרון המידתיות וכי אינו מהווה יישום של פסיקת בג"צ בעתירה הראשונה. בנוסף טוענים בארגון כי לגבי אותם שני כפרים, שלא הוצאו מהמובלעת, הפתרון שמגבשת מערכת הביטחון, הוא פתרון של העברת אוכלוסיה שבפועל ייעשה בעזרת הפעלת לחץ על אותם כפרים חלשים ויישום תהליך של "טרנספר בלתי מוסרי ובלתי חוקי של אזרחים מוגנים מאדמתם".
לפי העתירה, אם יתקבל וייושם התוואי המוצע, יביא הדבר לפגיעות חמורות במרקם חייהם של תושבי הכפרים, שכן אדמותיהם החקלאיות יוותרו מעבר לגדר. בנוסף טוענת האגודה כי הכביש המוצע לחבר את ההתנחלות קרני-שומרון, יפגע גם הוא בתושבי הכפרים, שכן חלק ניכר מאדמותיהם ייוותר בין הגדר לכביש ויהפוך עקב כך באחת לאדמות, שלא ניתן להשתמש בהן כלל. באגודה מוחים גם כנגד הפגיעה בפרנסת התושבים, בחופש התנועה שלהם, בניתוקם משירותי רפואה, ובניתוק משירותי דת ומשירותי חינוך.