הסיבה לתמותת הדגים בנחל קישון נגרמה כתוצאה מתופעת האמבוליה - בועיות גז בכלי הדם של הזימים. כך עולה (ג', 13.6.06) ממסקנותיה של ועדת הבדיקה שמינה השר לאיכות הסביבה, גדעון עזרא.
ביום ה- 27.5.06 לפנות בוקר התקבלו מספר התרעות מתחנת הניטור של רשות נחל הקישון, המצביעות על ערכים חריגים במדדי ה- pH (ערך הגבה), ריכוז החמצן המומס והעכירות של מי הנחל. צוות רשות נחל הקישון הגיע לאזור, דגם את מימי הנחל, אך לא זיהה ממצא חריג לתמותת הדגים.
יום למחרת (28.5.06) נראו דגים מתים מסוג קיפון (בורי), אמנון מצוי ואמנון מכלוא, בקטע הנחל שבין גשר ההסתדרות לבין מוצאי המפעלים.
מניתוח הממצאים של הוועדה בראשות יו"ר נחל הקישון, רוברט ראובן, ומנהלת רשות נחל הקישון, שרון ניסים, עולה כי ככל הנראה הגורם לתמותת הדגים הוא האפקט המשולב בין זיהום במקור אורגנו זרחני כגון: החומר טריבוטיל פוספט שנמצא בזימי הדגים המתים וגרם כנראה למצב של עקה באוכלוסיית הדגים, חוסר מוחלט בחמצן מומס ותהליך דניטריפיקציה אינטנסיבי שהביא לשחרור מסיבי של חנקן בצורה גזית.
אנשי הוועדה ממליצים לפנות לגורמי אכיפה מוסמכים במשרד לאיכות הסביבה, על-מנת לפתוח בחקירה פלילית כדי לבחון את המקור לזיהום הנחל ואת הקשר לאירוע תמותת הדגים.
בנוסף, צוות הבדיקה ממליץ, לאסור את הזרמת החומר הכימי TriButhylPhosphate לנחל וכן ביצוע בדיקות שוטפות לשלילת נוכחות החומר הנ"ל במסגרת היתר ההזרמה לים.
כמו-כן, הוועדה ממליצה שהמפעלים יעמדו בתקן ועדת ענבר להזרמה לנחלים ו/או הקמת צינור מוצא ימי בכדי לשמור על איכות מימי הנחל והמערכת האקולוגית.
הוועדה מציעה להרחיב את הבדיקות בדגים, ליצור בסיס מידע משולב עם מכוני המחקר ולהכין נוהל כתוב לטיפול באירועי זיהום מסוגים שונים בנחל הקישון.