פרויקט הרכבת הקלה בירושלים הוא אחד ממיזמי התשתית הגדולים המתבצעים במדינה. הוא כולל מגוון רחב של עבודות בהיקף כספי גדול שנעשות באזור עירוני צפוף. הניסיון שנצבר בפרויקט מהווה לקח חשוב לפרויקטים דומים בעתיד, בעיקר על-רקע מדיניות הממשלה להתמודדות עם בעיית הגודש בכבישים, בין השאר בדרך של העדפת התחבורה הציבורית. הממשלה החליטה, עוד בשנת 1999, שהקו הראשון של הרכבת יבוצע בשיתוף המיגזר הפרטי בשיטת ה-B.O.T. הביקורת העלתה כי לאחר שנחתם החוזה עם הזכיין נעשו בו שינויים כמה פעמים, ושינויים אלה הגדילו את התחייבויות המדינה כלפי הזכיין ואת הסיכונים הכספיים שקיבלה עליה בכל הנוגע לביצוע הפרויקט.

לדעת המבקר, לפני החתימה על חוזה הזיכיון היה על המדינה להקפיד על בדיקה יסודית של הכרוך בחתימת החוזה מהבחינה הכלכלית, ההנדסית והמשפטית, כדי להבטיח שלאחר חתימתו כמעט לא יהיה צורך בשינויים, ולמנוע מצב שבו תיאלץ המדינה לשאת במקום הזכיין בסיכונים הכרוכים בביצוע חלקו בפרויקט ובנטל מימונו והקמתו. נוכח הבקשות החוזרות ונשנות של הזכיין לדחות את המועדים שנקבעו לו, היה על המינהלה להביא את הנושא לפני הגורמים הבכירים בגופים האחראים לפרויקט כדי שיבחנו את הסיבות לכך ואת השפעת הדחיות על המשך הפרויקט ויחליטו כיצד לפעול. התמשכות הפרויקט גורמת נזק כלכלי גדול למשק ומטרד למשקי הבית ולמיגזר העסקי בעיר.

המבקר קובע כי על משרד האוצר, משרד התחבורה, המינהלה והעיריה, האחראים לפרויקט, לבחון את הסיבות שהביאו לפיגור הגדול בביצוע הפרויקט ולהפיק מכך לקחים כדי למנוע פיגורים נוספים וגידול בעלויות בהמשך ביצועו ובביצוע פרויקטים דומים בעתיד. על המדינה לבחון גם את אופן טיפולה בחלק הפרויקט שהיא הייתה אחראית לביצועו, שהביא לחריגות גדולות מתקציב המדינה המיועד לו. "מקובל להניח שאחד היתרונות של ביצוע פרויקט בשיטת ה-B.O.T הוא שתקציב הפרויקט שבמימון המדינה המועבר לזכיין נקבע במכרז וידוע מראש, ולכן ההסתברות לחריגה מתקציב זה אמורה להיות נמוכה".

אולם ממצאי הביקורת מלמדים שההנחה לא עמדה במקרה זה במבחן המציאות. לדעת משרד מבקר המדינה, לנוכח הליקויים בהשגת המימון על-ידי הזכיין, בעבודות התיכנון ובעבודות הביצוע של פרויקט הרכבת הקלה בירושלים, וההסתברות הגדולה לחריגות מתקציב המדינה שנקבע להשתתפות בעלויות הזכיין, על משרדי האוצר והתחבורה לבחון ללא דיחוי אם נכון להמשיך במודל העבודה הזה של שיתוף המיגזר הפרטי בפרויקטים של פיתוח תשתיות, ואם כן - אילו שיפורים יש להנהיג במודל כדי שהמדינה תפיק ממנו יתרון.