מבקר המדינה קובע בדוח הביקורת לשנת 2008 כי למרות פסק הדין של בית המשפט העליון לפיו לבתי הדין הרבניים אין סמכות לדון ולהכריע כבורר, עולם כמנהגו נוהג, קובע מבקר המדינה. בדיקתו בנוגע לבתי הדין הרבניים מעלה כי מאז הפסק בשנת 2006"נפתחו בבתי הדין הרבניים 257 תיקי בוררות בנושאים שאינם בתחום סמכותם על-פי דין".
הוא גם קובע כי גם עתה לאחר הנחיות שר הדתות בזמנו ממשיכים 15 מתוך 25 דיינים בבתי הדין בתל אביב לסיים את עבודתם בשעה מוקדמת יותר מהנדרש. נציבת תלונות הציבור בראשות השופטת (בדימ.) טובה שטרסבורג כהן ציינה בדוח שלה כי תופעות דיינים המאחרים או מקדימים לצאת "רווחת בבתי הדין הרבניים ופוגעת בתקינות ההליכים מתנהלים בהם".
הנושא לדבריו זכה לטיפול מנהל בתי הדין הרבניים הרב אליהו בן דהן ונשיא בית הדין הרבני הגדול הרב שלמה עמאר. הללו שלחו להם מכתבים אישיים ואף ערכו שימועים לדיינים מאחרים.
בדיקת המבקר מעלה עוד כי ב-26 אחוז מהתיקים בבית הדין בתל אביב עדין נקבעים הרכבים חסרים שגורמים לדחיות במועדי הדיונים במספר חודשים.
המזכירות אשמות
עפ"י הדוח, אל רשימת "האשמים" בקשיים בהשגת הגט, מצטרפים גם מזכירות בתי הדין הרבניים וגם המחשבים. בדיקת המבקר העלתה ליקויים בטפול בכ-83 אחוז מהתיקים בבית הדין הרבני בתל אביב וב-71 אחוז מאלה שנבדקו בפתח תקוה. בין היתר מונה המבקר את "העיכובים בטיפול המזכירות בסידור הגט...עקב אי גילוי יוזמה מספקת מצד המזכירות בזירוז ההליך. הועלו גם מקרים בהם סידור הגט 'נדחה ללא תאריך' והטיפול בהם נדחה עד שהוגשה בקשה לבית הדין על-ידי הצד שנפגע, בין היתר למתן צווים לאכיפת פסק הדין, ואם לאו, נשאר התיק 'כאבן שאין לה הופכין'".
ליקויים התגלו גם בהזנת המערכת הממוחשבת של בתי הדין הרבניים. "הבדיקה בבית הדין בתל אביב העלת כי לגבי 48 אחוזים מהתיקים שנדגמו שם הרישום של מועד סגירת התיק במערכת הממוחשבת היה שגוי ובכ-53 אחוזים מהתיקים בבית הדין בפתח תקוה טרם נסגרו במערכת, אף שחלפו כשנה ועד למעלה מארבע שנים ממועד פסק הדין".
בפתח תקוה אין מזכיר
המבקר חושף את קשיי הבאים לקבל שירות בבית הדין הרבני בפתח תקוה. תחילת הבעיה, "מזכיר בית הדין" במשך שש שנים בבית הדין בתל אביב היתה מזכירה וקרובת משפחה של המזכיר הראשי. המזכירה הועברה בהוראת נציבות שירות המדינה לבית הדין בפתח תקוה ואמורה היתה להתחיל בעבודתה בנובמבר 2006 אך מספר ימים לפני כן עורר בואה סערה בקרב הדיינים בפתח תקוה. הם פנו אל מנהל בתי הדין הרבניים והודיעו לו כי "אין לפרוץ בשום אופן גדרם של ראשונים ואין להעסיק אשה בכותלי בית הדין בשום אופן".
כך, עד אוקטובר 2007 טרם מונה עובד למזכיר הראשי בבית הדין בפתח תקוה. הרשויות המוסמכות השונות שעסקו בפרשה, מוסיף המבקר, הורו לפעול לשיבוץ אשה בבית הדין בפתח תקוה.
