היחידה הארצית לחקירות הונאה מצאה (יום א', 25.1.09) כי קיימת תשתית ראייתית למעשים פליליים נגד אלי מויאל.

מויאל חשוד כי בעת שכיהן כראש עיריית שדרות ביצע עבירות של מירמה והפרת אמונים, קבלת דבר במירמה ועבירות נוספות בתחום טוהר המידות. כמו-כן, סבורה המשטרה כי קיימת תשתית ראייתית לביצוע עבירות פליליות גם נגד בכירים נוספים בעירייה וכן לגבי מעורבים מחוץ לעירייה.

החשדות מתמקדים במתן עובדות למקורבים, תשלומים לעובדים שלא כדין, העדפת קבלנים בביצוע עבודות מיגון, בסכומי עתק, ורישום כוזב במסמכי תאגיד.

את החקירה בנושא ביצעה השלוחה הדרומית של היחידה ושחקרה למעלה מ-100 עדים וחשודים, ואספה חומר רב. חקירה נפתחה בעקבות חשד ולפיו היה מעורב מויאל במסירת עבודות שלא כדין לקבלנים המקורבים אליו נקודה.

חומר החקירה בנושא הועבר לפרקליטות מחוז דרום לעיון ולהחלטה.

בחודש ספטמבר 2007 השעה עצמו מויאל מראשות עיריית שדרות בשל החקירה שהתנהלה נגדו אך שב אל התפקיד עד לבחירות האחרונות שבהן לא התמודד.