התובע האמריקני הכללי, אריק הולדר, הודיע (יום ו', 13.11.09) כי חמישה מעצירי כלא גוואנטנמו החשודים בתכנון אירועי 11 בספטמבר, ביניהם החשוד כמי שעמד בראשם, חאליד שייח מוחמד - יועברו לניו-יורק ויועמדו לדין בבית דין אזרחי.
חמישה עצורים אחרים החשודים בהתקפות טרור בארצות הברית יזכו למשפט צבאי. ההחלטה להעמיד את מוחמד בפני בית משפט פדרלי עוררה ביקורת קשה מהמחנה הקונסרבטיבי, החש כי יש להעמידו לדין בבית דין צבאי.
"לאחר שמונה שנים של השהייה, האחראים להתקפות של 11 בספטמבר סוף-סוף יועמדו לדין", אמר התובע הכללי והוסיף כי התביעה מעוניינת בגזר דין מוות.
אחותו של אחד הטייסים שמטוסו התרסק אל תוך בניין הפנטגון, דברה ברלינגיים, אמרה כי העמדתו לדין בבית משפט פתוח תהווה עלבון לקורבנות ולמשפחותיהם, שכן לדעתה, מוחמד ינצל את ההזדמנות כדי להביע את עמדותיו הקיצוניות וכדי "להביש את השופט ולעודד את אחיו מן הג'יהאד להרוג עוד אמריקנים".
נשיא ארה"ב,
ברק אובמה, אמר ביום שישי כי מוחמד "יהיה נתון תחת התביעות החמורות ביותר של מערכת המשפט", והוסיף: "העם האמריקני מתעקש על-כך, והממשל שלי יתעקש על-כך".
מוחמד יידרש להעיד בבית משפט, אולם הודאתו באשמה תיבחן בעיניים מדוקדקות. זאת לאחר שלפני מספר חודשים נחשף כי הוא עונה במה שמכונה: "קרש מים" 183 פעמים, בחודש מרס 2003.
עם המתנגדים להעמדתו של מוחמד לדין בבית משפט אזרחי נמנה הסנטור ג'ון קורנין מטקסס, אשר הוקיע את ההחלטה להעמיד לדין את החשודים כ"פושעים מן המניין".
"אירועי 11 בספטמבר היו אקטים של מלחמה", אמר קרונין. "חזרה לגישה שהייתה נהוגה לפני תאריך זה בלוחמה בטרור, והבאתם של אנשים מסוכנים לאדמת ארצות הברית, מסכנת את ביטחונם של כל האמריקנים. הנחתה של אידיאולוגיה פוליטית לפני ביטחון העם האמריקני רק כדי להגשים הבטחה הנובעת ממסע תעמולה לקוי הינה מעשה בלתי אחראי".
