"במקום שבו צריך לתת צל"שים, צריך לבדוק גם את נוהל הקרב" - כך אמר (יום ג', 8.6.10) השר לעניינים אסטרטגיים, משה יעלון, אשר סיפק הודעה ראשונה מטעם הממשלה על כך שבמבצע ההשתלטות על האונייה "מאבי מרמרה" אירעה תקלה. יעלון דיבר במפגש בכנסת עם ראשי רשויות מטעם הליכוד.
יעלון כיהן בעת המבצע כראש הממשלה (בפועל), מתוקף תפקידו כממלא מקומו של
בנימין נתניהו, אשר שהה בעותה העת בקנדה
לדבריו, "ההחלטה שלא לאפשר למשט להגיע לעזה, היא נכונה והחלטה של הגנה עצמית. גם החלטת הלוחמים לפתוח באש נבעה מהגנה עצמית. המפקדים והלוחמים ראויים לכל שבח והערכה."
לפני ההחלטה הממשלתית באשר לאופי חקירת אירועי המשט, הודיע הרמטכ"ל אמש על מינוי ועדת חקירה מטעם הצבא, אשר בראשה יעמוד האלוף ((מיל.))
גיורא איילנד. צה"ל מסר כי "איילנד ואנשי הצוות יסתייעו בתוצרי ולקחי התחקירים הפנימיים שחלקם כבר מתקיימים על-ידי גופי צה"ל השונים הקשורים לאירוע זה, וכן יבדקו תחומים החוצים את כלל הגופים". צוותו של איילנד יבצע תחקיר של בעלי ידע מקצועי בנושא המתוחקר, ע"י גורמים שאינם חלק משרשרת הפיקוד של המבצע. הממצאים צפויים להיות מוגשים לרמטכ"ל עד ה-4 ביולי.
"יעלון מכין את האליבי לוועדת החקירה"
יו"ר הוועדה לענייני ביקורת המדינה, ח"כ
יואל חסון (קדימה), הגיב בחריפות לדברי השר יעלון: "בוגי יעלון קרע את המסיכה מעל פני ממשלת נתניהו. מי ששלחו את חיילי צה"ל למשימה שנועדה מראש לכישלון, ללא שום תהליך קבלת החלטות ראוי, אינם מתביישים עתה להפיל את האחריות על גיבורי השייטת. אין גבול לניסיון של יעלון, נתניהו וחבריהם לברוח מאחריות - גם במחיר השחרת הלוחמים - והכל כדי להסתיר כשלון מנהיגותי של צמרת ממשל נתניהו."
יו"ר סיעת קדימה, ח"כ
דליה איציק, אמרה כי "יעלון מכין את האליבי לוועדת החקירה. יותר מתמוה כי מי שהצהיר רק השבוע שאיננו בקיא בפרטים, בעוד הוא רה"מ בפועל באותן שעות, מעז לתקוף ולהטיל את האשמה על צה"ל ולהתנער מאחריות שהייתה מוטלת על כתפיו. לא ניתן להכתים את בנינו וחיילינו שמחרפים נפשם בשעה שקברניטי הממשלה מחפשים על מי להטיל את האשמה."
איציק מסרה כי נשקלת האפשרות להגיש הצעת אי-אמון נגד הממשלה בעקבות דבריו של יעלון.