מוסד אקדמי אינו יכול להעניק לעובדיו תוספות שכר בלא אישורו של שר האוצר, ולאחר מכן לטעון שהוא עושה זאת במסגרת החופש האקדמי. כך עולה מפסק דינו של בית הדין הארצי לעבודה, בנוגע לפנסיה ממנה ייהנו חברי הסגל האקדמי הבכיר באוניברסיטת תל אביב.

השופט אילן איטח קבע (11.11.12), כי חברי הסגל הבכיר שהתקבלו לעבודה מ-1.10.03 ואילך ייהנו מפנסיה צוברת ולא מפנסיה תקציבית. המשמעות היא שיהיה עליהם להשתתף בהפרשות לפנסיה, המנוהלת כמו כל הסדר פנסיוני במגזר הפרטי ונתונה לתנודות שוק ההון, ולא יקבלו פנסיה מובטחת על חשבון המדינה בלבד. בכך התקבל ערעורה של המדינה על פסק דינו של בית הדין האיזורי בתל אביב, אשר אימץ את עמדת הסגל וזיכה גם את חבריו החדשים בפנסיה תקציבית.

איטח קבע, כי על האוניברסיטה חל סעיף 29 לחוק יסודות התקציב, בו נאמר: "גוף מתוקצב או גוף נתמך לא יסכים על שינויים בשכר, בתנאי פרישה או בגימלאות, או על הטבות כספיות אחרות הקשורות לעבודה, ולא ינהיג שינויים או הטבות כאמור, אלא בהתאם למה שהוסכם או הונהג לגבי כלל עובדי המדינה או באישורו של שר האוצר".

האוניברסיטה טענה, כי היא רשאית להעניק לחברי הסגל הבכיר תנאים מועדפים מכוח חוק המל"ג, ולפיו "מוסד [אקדמי] מוכר הוא בן-חורין לכלכל את ענייניו האקדמיים והמינהליים, במסגרת תקציבו, כטוב בעיניו". אותו חוק ממשיך ומסביר, כי הכוונה היא בין היתר ל"מינוי מורים והעלאתם בדרגה... וכל פעולה מדעית, חינוכית או משקית אחרת". לגירסת האוניברסיטה, חוק המל"ג גובר על חוק יסודות התקציב.

איטח דוחה פרשנות זו. הוא מזכיר, כי הן בית המשפט העליון והן בית הדין הארצי כבר קבעו, כי החופש האקדמי אינו מושג קסם הגובר על עיקרי הצדק הטבעי ומימוש זכויות שבדין, וכי אין הוא מוציא את ההחלטות המתקבלות בחסותו ממעגל הביקורת השיפוטית. לגופם של דברים אומר איטח, כי יש מספר נימוקים לכך שחוק יסודות התקציב גובר על חוק המל"ג:

• חוק יסודות התקציב נחקק לאחר חוק המל"ג, ודבר חקיקה מאוחר גובר על דבר חקיקה מוקדם כאשר שניהם במעמד שווה.

• החופש האקדמי בהיבט המינהלי מוגבל לתקציבו של המוסד האקדמי. לכן, תנאים שמטילה המדינה בתוך אותה מסגרת אינם מהווים פגיעה בחופש זה.

• ההגבלות אותן מבקשת המדינה עומדות בתנאי פיסקת ההגבלה שבחוק יסוד כבוד האדם וחרותו, שכן הן נעשות לתכלית ראויה ובמידה שאינה עולה על הנדרש.