תפוקת ענף שינוע המטענים ברכבת ירה בשנים 1990 עד 2012 בשיעור מצטבר של כ-3.5%. הפדיון בענף ירד בשיעור מצטבר של כ-%24.6 ומחיר הובלת מטען ברכבת ירד מ-17.2 אגורות לטון-ק"מ בשנת 1990 ל-13.4 אגורות ב-2012, שיעור ירידה ריאלי מצטבר של 22.1%. כך עולה (יום ד', 29.1.14) ממסמך שערך מרכז המחקר של הכנסת, לקראת דיון בנושא העלאת תעריפי השינוע שנערך היום בוועדת הכספים.

בתום דיון, קראו חברי הכנסת לנציגי הרכבת, להמתין עד לדיון הבא בנושא, שייערך בהקדם, ולא להעלות את התעריפים בינתיים. הדיון התקיים נוכח כוונת הרכבת להעלות את תעריפי שינוע המטענים ב-21%. תעריף הובלת מכולות ריקות אמור לעלות ב-0.5%. יו"ר ועדת הכספים, ח"כ ניסן סלומינסקי (הבית היהודי) הודיע שהדיון הבא בנושא יתקיים ביום שני הבא ועל-כן הוא מבקש להמתין עם העלאת התעריפים עד למיצוי הדיון.

תעריפי הובלת המכולות, יש לציין, לא עודכנו מאז ספטמבר 2007. במהלך תקופה זו נשחקו תעריפי ההובלה ברכבת באופן משמעותי בשל העלייה בהוצאות התפעול ותשומות הרכבת. כיום ממשלת ישראל נושאת בכ-50% מעלות פעילות הובלת המכולות העומדת על 150 מיליון ש"ח בשנה. בשל מחויבות הרכבת להתייעלות והפחתת שיעור התמיכה הממשלתית, מיישמת הרכבת תוכנית התייעלות להגדלת היקפי ההובלה והתאמת מחירי ההובלה לעלויות התפעול הקיימות.

למרות זאת, העלאת התעריף תפגע קשות בתעשיינים, ביבואנים ובחברות הספנות, ויש לה השלכות עקיפות מעבר לפגיעה הכלכלית הישירה, כגון פגיעה בסביבה בשל מעבר לשימוש באמצעי תחבורה אלטרנטיביים לרכבת, הגדלת התנועה בכבישים, בעיקר בשעות העומס וצמצום התחברות בין נמל חיפה לנמל אשדוד.

נכון לשנת 2008, השימוש ברכב כדרך להובלת מטענים נמוכה מאוד. לפי מסמך המחקר, בישראל רק 4.7% מהמטענים מובלים דרך הרכבת, נתון שהוא מן הנמוכים במדינות המערב, בעוד שהשימוש במשאיות להעברת מטענים עומד על לא פחות מ-91.4% - נתון שהוא מן הגבוהים. התועלות הלא מנוצלות הן רבות: פחות תאונות דרכים של משאיות (הגורמות בדרך כלל לתאונות קטלניות), איכות סביבה משופרת ופחות גודש בכבישים.