האפיפיור פרנסיסקוס הצהיר כי השואה הייתה אסון שאין דומה לו. "כאן, כשאנו עומדים מול האסון שאין דומה לו, השואה, מהדהדת הזעקה אייכה כקול האובד בתהום ללא תחתית. אדם, מי אתה? אינני מזהה אותך עוד. מי אתה אדם? למה הפכת? לאלו זוועות נהיית מסוגל?", אמר בנאום שנשא באוהל יזכור במוזאון יד ושם.

עוד הוסיף: "היום אנו שבים לכאן כדי להקשיב לקול האלוהים. "לעולם לא, ה', לעולם לא עוד. הננו כאן ה', בבושה על מה שהאדם שנברא בצלמך ובדמותך יכול היה לעשות. זכור אותנו ברחמיך", אמר.

ביד ושם מייחסים חשיבות רבה ומשמעות מיוחדת לביקורו של האפיפיור ומביעים תקווה כי הביקור יתרום להגברת תודעת השואה בעולם. "מילותיו ביד ושם יחד עם הדברים שאמר עם בואו לישראל מבטאים בושה וכאב על שפל המדרגה אליה הגיע הרוע האנושי וקוראים לקדם חינוך לערכים אנושיים ולעולם ללא אנטישמיות בכל צורותיה וללא גילויי עוינות, אפליה וחוסר סובלנות", נמסר מהנהלת המוזאון.

האפיפיור פתח את בוקר ביקורו הראשון בישראל בסיור בהר-הבית. הוא נפגש שם עם אנשי הוואקף המוסלמי. המופתי הירושלמי, מוחמד חסיין, טען בפני האפיפיור כי מסגד אל-אקצה נמצא בסכנה מצד קיצוניים יהודים וכי ממשלת ישראל מעכבת מוסלמים מלהתפלל במסגד.

לאחר מכן ביקר פרנסיסקוס ברחבת הכותל המערבי, שם לווה בידי רב הכותל והמקומות הקדושים, שמואל רבינוביץ'. משם צפוי נסע להר הרצל, להניח זר על קברו של חוזה המדינה הרצל. פרנסיסקוס ניגש אל קברו של הרצל יחד עם הנשיא, שמעון פרס, ועם ראש הממשלה, בנימין נתניהו. כל אחד מן השלושה הניח אבן על הקבר. בעקבות בקשת ראש הממשלה חרג האפיפיור מן הסיור המתוכנן וביקר גם באנדרטת נפגעי הטרור שבהר הרצל.

ראש הממשלה כתב מייד לאחר מכן בדף הפייסבוק שלו כי הוא מודה לאפיפיור על שנענה לבקשתו. "הסברתי לו שהקמת גדר הביטחון מנעה עוד קרבנות רבים שהטרור הפלשתיני שנמשך גם בימים אלה תכנן לפגוע בהם", ציין. הדברים מתייחסים לעובדה שהפלשתינים הובילו אתמול את האפיפיור לביקור בגדר ההפרדה והסיתו אותו שם נגד ישראל.

מייד לאחר מכן עבר ראש הכנסיה הקתולית למוזאון יד ושם הסמוך. מאוחר יותר ייפגש עם הרבנים הראשיים לישראל בהיכל שלמה בירושלים.

לוח הזמנים של ביקור האפיפיור בישראל כולל מפגש עם נשיא המדינה, שמעון פרס, ועם ראש הממשלה, בנימין נתניהו.

לאחר פגישות אלה, שתהיינה בעלות אופי מדיני, יתפנה פרנסיסקוס להמשך מסע הצליינות שלו בביקור בכנסיית גת שמנים ובקיום מיסה בחדר הסעודה האחרונה בהר ציון.

מפקד מחוז ירושלים במשטרה, ניצב יוסי פריינטי, אמר כי כוחות המשטרה ינשמו לרווחה בשעות הערב לאחר סיום ביקורו של האפיפיור. לדבריו, המשטרה נערכה למבצע בצורה מסודרת ונערכה לכל התרחישים. "אם יהיו אנשים שינסו לשבש את הביקור - נגיב בהתאם", אמר.