מערכת היחסים בין תת-ניצב אפרים ברכה לבין הרב יאשיהו פינטו ורעייתו דבורה ידועה ואין בה כדי להצדיק פתיחה בחקירה נגד ברכה. כך אומרת (יום ג', 14.10.14) פרקליטות המדינה, בתשובתה לעתירת אומ"ץ לבג"ץ, בה התבקש בית המשפט להורות על פתיחה בחקירה נגד ברכה.

הפרקליטות מתייחסת לרישומי השיחות בין ברכה לבין דבורה פינטו, שנחשפו ב-News1 ומלמדות על אלפי שיחות לאורך שנים אחדות. לדבריה, רישומים אלו מעידים רק על תדירות השיחות ותו לא, ואין הם יוצרים את התשתית הראייתית ההתחלתית לחצייתם של גבולות האסור והמותר באותה מערכת יחסים בין שתי המשפחות.

עוד אומרת הפרקליטות, כי טענותיו של פינטו לפיהן העניק לברכה סכומי כסף ניכרים במשך שנים, "נבדקו באופן מעמיק ויסודי בחקירה משטרתית נרחבת שנעשתה בפיקוח צמרת הפרקליטות". היא כללה חקירת עדים רבים, בדיקת חשבונות בנק של ברכה ומשפחתו, מחקרי תקשורת ועוד. המשטרה גם ביקשה סיוע מה-FBI, לאור טענתו של פינטו לפיה חוקרי הסוכנות אישרו לו להעביר כספים לברכה. לדברי הפרקליטות, המסקנה הייתה ש"בשורה ארוכה של נושאים התברר כי לא נמצא בסיס" לטענותיו של פינטו.

לדברי הפרקליטות, יש משקל רב לראיות התומכות בגרסתו של ברכה, לפיה לא היה כל פסול בקשריו עם פינטו. במהלך החקירה הסמויה הוקלטו שיחות בין בני הזוג פינטו לבני הזוג ברכה, ובאף אחת מהן לא נזכרה העברה כספית שקדמה לשוחד בסך 400,000 שקל בו הודה פינטו. לטענתה, עצם נכונותו של ברכה לאפשר את הקלטת השיחות - כאשר הוא ידע שבני הזוג פינטו ידברו בחופשיות - מעידה גם היא על נקיון כפיו.

עוד נאמר בתגובת הפרקליטות, כי ניצב בדימוס אריה עמית וסגן ראש השב"כ לשעבר, דורון וייס, הכחישו את טענתו של פינטו לפיה סיפר להם על הכספים שהעניק לברכה. לדבריה, ברכה דיווח בזמן אמת על הצעת השוחד מפינטו - אומנם שמונה ימים לאחר שזו הועלתה, אבל מיד כאשר חזר מחופשתו, ולכן "במובן זה המדובר בדיווח בעל מאפייני 'זמן אמת', להבדיל משחזור בדיעבד של התרחשויות".

הפרקליטות גם מתייחסת לטענת אומ"ץ, לפיה משיחה בין פינטו לברכה ניתן להבין, כי ברכה הוא שהדליף לפינטו פרטים על חקירת פרשת עמותת חזון ישעיה, בה נקשר שמו של פינטו. לדברי הפרקליטות, בהמשך אותה שיחה ייחס פינטו את מתן המידע לגורם אחר. בדיקת הנושא גם העלתה, כי לפינטו ולחשוד אחר בתיק היו קשרים עם גורמים נוספים שהיו מעורבים בחקירה, מציינת הפרקליטות.

במישור המשפטי אומרת הפרקליטות, כי יש לדחות את העתירה על הסף משום שאומ"ץ לא מיצתה את ההליכים, לא צירפה את המשטרה והיא מתעלמת מכך שכבר לפני שנה נבדק עניינו של ברכה לעומקו בטרם אושר מינוי למפקד יאח"ה. עוד אומרת הפרקליטות, כי אין תקדים לכך שבג"ץ יורה למדינה לחתום על הסכם עד מדינה - כפי שמבקשת אומ"ץ שייעשה עם פינטו בנוגע לברכה - וכי העתירה כולה עוסקת בעניינים שבלב הסמכות המקצועית של רשויות האכיפה.

לדברי הפרקליטות, אין כל דחיפות לדון בעתירה עוד לפני הדיון בהסדר הטיעון עם פינטו (הקבוע ל-22.10.14). לדבריה, אין קשר בין הסדר זה והמידע שמסר פינטו על ניצב בדימוס מנשה ארביב, לבין חקירה אפשרית של ברכה: ניתן יהיה לחקור את ברכה, אם עמדתה של המדינה תידחה בידי בג"ץ, גם לאחר יישום הסדר הטיעון עם פינטו. את תגובת המדינה הגישה עו"ד חני אופק, הממונה על ענייני בג"צים בפרקליטות המדינה.