הממשלה מתכוונת להנפיק את נמלי חיפה ואשדוד, ולבצע את ההפרטה בשלבים. בשלב ראשון מתכוונים משרדי האוצר והתחבורה להקים לאלתר שתי חברות ניהול נפרדות בנמלי אשדוד וחיפה, שיחלו להתחרות ביניהן באופן מיידי. במקביל, תהפוך רשות הנמלים לחברת נכסים, ונמלי חיפה ואשדוד יופעלו כחברות ממשלתיות.
הצעה ברוח זו הועברה הבוקר לנציגי ההסתדרות ועובדי הנמלים במהלך המו"מ המתנהל איתם. המו"מ נכנס בימים האחרונים להילוך מואץ וביומיים האחרונים מנהלים הצדדים פגישות רצופות במלון השרון בהרצליה.
פיצול הנמלים יחייב בהמשך לחלק ביניהם את נכסי הנמלים - שטחי קרקע וציוד - המצויים כיום בבעלות רשות הנמלים. כדי לא לעכב את התחרות, יועברו כל הנכסים בשלב ראשון מרשות הנמלים (שתפורק) לידי חברת נכסים, שתקרא חברת הנמלים, והיא זו שתחל בחודשים הקרובים לחלק אותם בין הנמלים.
בתחילת שנת 2005 תחל המדינה בהנפקה נפרדת של מניות חברת נמל חיפה ומניות חברת נמל אשדוד לציבור באמצעות הבורסה. ההנפקה תתבצע בשלבים ועד להיקף של 49% ממניות כל חברה, באופן שחברות הנמל ימשיכו להישאר בשליטת הממשלה.
המדינה מציעה לעובדים, כי במסגרת ההנפקה יוכלו עובדי הנמל לרכוש אחוז מסוים של מניות במחיר מופחת.
חברת הנכסים תדאג לטפל בהבטחת זכויות העובדים ולוודא שלא תהיה פגיעה בפנסיה שלהם; מעבר העובדים לחברות הנמל יתבצע תוך שמירה על ההסכמים הקיבוציים הקיימים היום. במסגרת המעבר לחברות הנמל יוסדרו כל סוגיות השכר העומדות כיום במחלוקת, באופן שיאפשר העברה סדורה של הסכמי השכר לחברות הנמל.
במסגרת ההסכם יוגדרו גם תחומי הפעילות של מספנות ישראל שתפעל כמסוף נוסף. ההיתר שניתן למספנות ישראל יוגבל בפעילות המכולות להיקף שיוגדר. רציף הכימיקלים באשדוד יועבר במסגרת הסכם להפעלה באמצעות חברה חיצונית.
על תוכנית ההתייעלות והשינויים המבניים בנמל אילת מתקיים מו"מ במקביל. משטחו של נמל אילת פועלות כיום בעיקר כחצי תריסר ספינות קזינו.
