"במערכת המשפטית היו כאלו שהעדיפו להתעלם מהידיעות על כך שנעשים במכון לרפואה משפטית דברים שלא ייעשו ונתנו גיבוי עיוור בשתיקה. מישהו הרי היה צריך לעצור ולשאול את עצמו שאלות. אם היו מתפרסמים אפילו 10% על מקום ציבורי אחר, המדינה הייתה גועשת". כך אומר מנכ"ל המכון, ד"ר חן קוגל, בראיון ל"עורך הדין", בטאון לשכת עורכי הדין.

קוגל עזב את המכון בשנת 2005 בשל הליקויים הרבים בהתנהלותו תחת ניהולו של פרופ' יהודה היס, וחזר אליו לפני ארבע שנים לאחר הדחתו של היס. "אחת הבעיות הכי קריטיות בכל מה שקרה כאן היה, שבחלק מהמערכת המשפטית לא הכירו כלל בעובדה שהיו כאן תקלות חמורות, הכרה שנעשתה בסופו של דבר על-ידי משרד הבריאות בלבד. באיחור ניכר, אבל נעשתה", הוא אומר.

קוגל נשאל האם ייתכן שחפים מפשע יושבים בכלא בשל התנהלות המכון והשיב: "אני חושש שכן. אני לא יכול לומר את זה בוודאות, כי חוות הדעת שלנו הן רק חלק מהמכלול ולא תמיד הממצא העיקרי. יש אפשרות לא-מבוטלת שבשל טעויות שנעשו במכון, ישנם אנשים ששילמו על כך מחיר כבד". לדברי קוגל, ייתכן שמדובר במי שהורשעו בעבירות חמורות מאלו שביצעו בפועל - כגון רצח במקום הריגה, או הריגה במקום גרימת מוות ברשלנות.

בנוגע ליחסו של בית המשפט לפתולוגים, אומר קוגל: "אני חושב שההסתכלות על מומחים בבית המשפט צריכה להיות קצת אחרת. כלומר: העובדה שהאדם בא מטעם המדינה אינה אומרת שהוא צודק, והעובדה שבן אדם בא מבחוץ איננה אומרת שהוא טועה".

לדברי קוגל, תחת ניהולו של היס חתמו פתולוגים על חוות דעת בלא שראו כלל את הגופות. במקרים רבים ביצע מנתח צעיר את הנתיחה, מנתח בכיר חתם על חוות הדעת והגיע להעיד בבית המשפט - וכאשר פקפק הסניגור בחוות דעתו, הייתה התביעה אומרת משהו כגון "איך אתה מעז לערער על חוות דעת של מומחה כזה עם מוניטין עצום כל כך, של מי שראה את הגופה, ניתח אותה וכתב חוות דעת?". כיום, מדגיש קוגל, לא יוצאת מהמכון חוות דעת בלא שתיבדק בידי רופא נוסף, ואם מתעוררים חילוקי דעות - מכריע פורום רופאים.

קוגל שב וקורא להקים מכון נוסף לרפואה משפטית, ומציין ששר הבריאות, יעקב ליצמן, ומנכ"ל משרדו, רוני גמזו, מניעים את המהלכים להקמתו בצפון הארץ. הוא מקווה שהמכון יתחיל לפעול בעוד ארבע שנים, ובמקביל מכשיר המכון הקיים רופאים משפטיים נוספים. כיום, מציין קוגל, יש בישראל רק שבעה רופאים כאלו - דהיינו אחד לכל מיליון תושבים, לעומת אחד לכל 100,000 בעולם המערבי.