"כל קשר שמתקיים בין הפרקליטות לבין רופא המכון ועובדיו (פנייה, שיחה, פגישה וכו') יתועד בכתב, הן על-ידי הפרקליטות הן על-ידי המכון, כל אחד בנפרד, באופן שלם ומלא". זוהי ההמלצה המרכזית של נציב הביקורת על הפרקליטות, דוד רוזן, בדוח שהוא מפרסם (יום א', 28.5.17) על קשרי הפרקליטות והמכון לרפואה משפטית. הוא מדגיש, כי חובה זו חלה על כל גורמי התביעה ולא רק על הפרקליטות. ההמלצה המקורית של הנציבה הילה גרסטל הייתה, שכל המגעים ינוהלו בכתב ולא רק יתועדו בכתב (מה שעשוי להיעשות בדיעבד).

המלצה מרכזית נוספת: התיעוד בכתב של הקשר שהתקיים בין הפרקליטות למכון יועבר במלואו לסנגוריה לאחר הגשת כתב אישום, שכן מדובר בחומר חקירה לכל דבר. לדברי רוזן, אם הפרקליט יוכל להחליט האם מדובר בחומר חקירה או בתרשומת פנימית, עלולה להיפגע הגנתו של הנאשם. תיק העבודה של המכון יועבר במלואו לפרקליט המטפל בתיק, והסניגור יוכל לצלם אותו. רוזן גם ממליץ לחייב את רופאי המכון לנמק בכתב כל שינוי בחוות דעתם; מנהל המכון, ד"ר חן קוגל, מסר לנציבות שזהו כבר הנוהל.

עוד ממליץ רוזן, שהסניגורים יוכלו לקבל - כמו התובעים - חוות דעת של רופאי המכון בתיקים קודמים, תוך השחרת פרטים העלולים לפגוע בפרטיות של צדדים שלישיים. כך תוכל גם ההגנה להסתמך על חוות דעת אלו כדי לתקוף את המומחה בתיק הרלוונטי, ולא רק התביעה כפי שנעשה כיום (במקרים בהם רופא לשעבר במכון מעיד מטעם ההגנה). הסניגורים יהיו רשאים להיוועץ ברופאי המכון בכל סוגיה ולהשתמש בספרייה שברשות המכון.

רוזן גם אומר כיצד תוכל הסניגוריה לקבל חוות דעת מרופאי המכון, וזאת באחד משלושה מצבים: המכון לא נתן לפני כן חוות דעת למדינה; במקרים של דרישת משפט חוזר; ולאחר מתן פסק דין חלוט. במקרים אלו יוכל הרופא להיות עד הגנה, ועל הדו-שיח בינו לבין הסניגור יחולו הכללים שנקבעו לגבי מגעיו עם התובע. עוד קובע רוזן, כי יש לאפשר למומחה מטעם הסניגוריה להיות נוכח בכל נתיחה של גופה המבוצעת כאשר עולה חשד לפלילים.

במבט רחב יותר סבור רוזן, כי יש להסדיר את המכון ופעילותו בחקיקה שתתייחס בין היתר לתפקידו, סמכויותיו וכפיפותו; מעמדם של הרופאים כמי שמספקים חוות דעת אוביקטיביות; עיגון מתן חוות דעת להגנה ולגורמים פרטיים; ונוכחות מומחים חיצוניים בנתיחות. רוזן גם עומד על מספר צעדים שיוכלו להבטיח את עצמאות הרופאים והאוביקטיביות של חוות הדעת, ובהם: שמירת הקלטת הנתיחה, גיבוש מיידי של נהלים והנחיות בפרקליטות ברוח ההמלצות שבדוח; והימנעות מהעברת מידע לרופא על עברו הפלילי של החשוד, הודאותיו ומידע דומה העלול להשפיע על חוות דעתו.

רוזן סבור, כי על שר הבריאות, יעקב ליצמן, "לבצע בדיקה ובחינה של המקרים שנבדקו ונמצא כי חלו שינויים בחוות הדעת של רופאי המכון, לכאורה ללא בסיס והנמקה. חלק מרופאי המכון לא שיתפו פעולה עם הביקורת, וממילא לא הסבירו השינויים בחוות הדעת. אני סבור, כי לא ניתן להותיר מצב דברים זה ללא בחינה ובדיקה".

במישור היחסים בין המכון לפרקליטות, ממליץ רוזן למנות רפרנטים בפרקליטות המדינה ובפרקליטויות המחוזות, שיהוו גורם מקצועי מנחה ליתר הפרקליטים, אשר גם יהיו מחויבים לדווח לו על אירועים חריגים. לצד זאת הוא קורא להשלים את הכנת הנהלים הפנימיים של המכון ולפרסם אותם, ולמנות במכון גורם של בקרת פנים שיבדוק במיוחד את הממשקים מול המשטרה והפרקליטות.