בסוף שנת 2004 תבוטל התקנה המעניקה פטור ממס בעת העברת נכסים ושיוכם או הסבת חובות המתבצעים במסגרת שינוי מבני בקיבוצים, מושבים ותאגידים. כך עולה מהחלטת הממשלה.
רו"ח יוסי שלם מברית פיקוח מסר, שהחל ממועד זה יכללו השינויים המבניים תחת הכללים של פיצולים ומיזוגים בפקודת מס הכנסה, שקובעים מספר רב יותר של תנאים לצורך קבלת הפטור. יש להניח לפיכך, שחלק מהפעולות לא תעמודנה בתנאי הסף לקבלת הפטור ותחויבנה בתשלום מס.
ברית פיקוח ממליצה לכן לקיבוצים, למושבים ולתאגידים המתכוונים לערוך שינויים מבניים, לזרז את המהלכים ולהגיש בדחיפות את הבקשה למטה לביצוע הסדר הקיבוצים או למינהלה להסדרים במגזר החקלאי.
החיסרון של ביצוע השינוי החל משנת 2005, הוא שהתקנות בנוגע לפיצולים ומיזוגים הן מורכבות ואינן תמיד מותאמות לצרכים המיוחדים של המגזר החקלאי ולדיני האגודות השיתופיות. תהליך בערוץ הזה עלול להיות מסובך יותר, בעל מגבלות רבות יותר ועלול להיות כרוך בעלויות מס גבוהות יותר.
ההקלות במס לחקלאים ניתנו במהלך שנות התשעים, וזאת על-מנת לעודד את השינויים המבניים וההתייעלות במסגרת הסדרי החובות. מאז הוארך תוקף התקנות מספר פעמים. בהחלטת הממשלה האחרונה נקבע שתוקף התקנות יוארך עד סוף שנת המס 2006, אולם הפטור ממס לביצוע שינויי המבנה יסתיים כאמור בסוף שנה זו.
תהליך השינוי המבני נועד ליצור חיץ משפטי בין הפעילות הכלכלית לפעילות הפרטית בקיבוץ ובמושב. במסגרת התהליך מבוצע תאגוד של המפעל והענפים הכלכליים של הקיבוץ או המושב בניהול של חברת אחזקות, בבעלות משותפת של הקיבוץ, החברים ולעיתים גם גורם חיצוני. תהליך זה הכרחי כתשתית לשינויים נוספים בקיבוץ כמו שיוך דירות ונכסים יצרניים לחברים באמצעות חלוקת מניות ועוד.
