אלוני מונה על-ידי חולדאי לבדוק חמישה נושאים, שכללו את "תפקוד גופי העיריה". דובר העיריה, הלל פרטוק, מדגיש כי היה על אלוני "לבדוק את עובדות המקרה בעניין חריגות הבנייה של סגן ראש העיר דאז ולא כבורר עם סמכויות הכרעה". במילים אחרות, לאלוני עצמו ולדוח שחיבר לא היה כל מעמד משפטי. הגדרת המינוי והדוח עצמו, איפשרו לחולדאי להגדיר את הדוח כ"חמור" מצד אחד, ומצד שני, הם לא איפשרו לנשוא הדוח, מיכאל רועה, לחלוק על המסקנות בבית המשפט. במסקנות הדוח לא הועלו חשדות לפלילים או עבירות מנהליות, ולכן גם לא ננקטו בעקבותיו צעדים בעלי משמעות משפטית. עיקר השימוש שנעשה בדוח היה מול התקשורת. ואכן, זה מה שעשו חולדאי ואנשיו. הם יצרו לחץ ציבורי על רועה על-מנת שזה יתפטר מתפקידו.

בזמן שאלוני מונה לבדוק את שבדק ובזמן פירסום הדוח, איש לא העלה את החשד שהוא עצמו נמצא בניגוד עניינים. גופי העיריה אותם הוא בדק לא קיבלו מידע על ההתקשרות הכלכלית בינו ובין והעיריה וכן גם מינהל מקרקעי ישראל. הכל, כך ציין אלוני עצמו, שיתפו עימו פעולה, לרבות מיכאל רועה עצמו.

אלוני טוען בתגובתו ל–Nfc, כי איש גם לא חלק על מסקנותיו: "הממצאים שנקבעו על-ידי היו חד-משמעיים, ואיש לא חלק עליהם". אולם בידי Nfc קיימות הוכחות כי רועה עצמו חלק גם חלק על המסקנות, והמציא לידי אלוני מסמכים שסתרו את מסקנותיו, אבל הוא סירב לפרסם אותן. כך למשל, בנוגע לאישור תוכנית 2660: אלוני כתב בדוח שלו כי "לפחות בדיון השני שהתקיים לאחר שמר רועה הגיש התנגדות לא היה מקום לנוכחותו ולהשתתפותו". רועה כתב לשופט כי בדיון זה לא היה דבר הקשור לביתו ולכן לפי החוק לא הייתה מניעה להשתתפותו בדיון. השופט בדימוס ענה לרועה: "ברור היה, שבאותה ישיבה לא נדון עניין כלשהו הקשור בך ובהתנגדותך. יחד עם זאת אין בכל זה כדי לשנות את האמור במסקנותי, מה עוד שמלאכתי נסתיימה ואין אני בן-חורין להכניס שינויים כלשהם במסקנותי".

החוזה לקבלת שירותים משפטיים בין הרשות לפיתוח כלכלי בראשות רון חולדאי לבין משרדו של השופט אלוני, שכאמור נחשף כאן לראשונה, הופעל במשך חמש שנים - בשנים 2005-2001. עם השנים הוא הלך והתרחב. למשל, בתאריך 23.5.05 אישרה ועדת ההתקשרויות של הרשות לפיתוח כלכלי "תוספת לחוזה עם משרד עורכי הדין בלטר, גוט אלוני לפרויקט תווי חניה וטיוב מי בארות".

בסופו של דבר, בגלל העלויות הגבוהות שגבה משרדו של אלוני תמורת השירותים המשפטיים שנתן לרשות לפיתוח כלכלי, הופסקה ההתקשרות לפני פחות משנה. ההחלטה על כך התקבלה ביום 31.8.05 בישיבה שהתקיימה במשרדו של מנחם לייבה, מנכ"ל עיריית תל אביב, המשמש גם חבר דירקטוריון הרשות לפיתוח כלכלי של עיריית תל אביב. בישיבה זו נדונו עניינים שונים, ובהם גם נושא הייעוץ המשפטי. בפני הנוכחים הובאו נתונים בדבר עלויות הייעוץ המשפטי, שניתן על-ידי משרד בלטר, גוט אלוני.

מפרוטוקול הישיבה עולה, כי בשנים 2001-2005 התקשרה הרשות לפיתוח כלכלי למשרד עורכי הדין בלטר, גוט אלוני בהסכם למתן שירותים משפטיים בעלות כוללת בסך 3,200,000 שקל, "כאשר יש עלייה מתמשכת בסעיף ההוצאות המשפטיות משנה לשנה". סעיף ההוצאות המשפטיות של הרשות הגיע בזמן הדיון לסכום של 5,351,793 שקל. אנשי הרשות לפיתוח כלכלי ניתחו סעיף זה לפרטיו והגיעו למסקנה כי עלותו הייתה גבוהה מדי. אחת המסקנות הייתה שאילו היתה הרשות שוכרת עו"ד פנימי, הייתה העלות נמוכה בהרבה: "יועץ משפטי בעל ותק של 7-5 שנים יכול היה לטפל בענייניה השוטפים של הרשות ובפרויקטים שטופלו על-ידי יועץ חיצוני בהיקף כספי של 3.2 מיליון שקל. לפי תחשיב של עלות העסקת עורך דין בשכר של עד 24 אלף שקל (כולל הפרשות מעביד, סוציאליות וכו') הייתה העלות הכוללת לתקופה של חמש שנים 1,296,000 שקל בלבד. "לפי חשבון זה, כך ציינו אנשי הרשות לפיתוח כלכלי, העסקת יועץ משפטי פנימי במקום קבלת שירותים ממשרדו של אלוני הייתה חוסכת לקופת הציבור סכום של כ–2 מיליון שקל.

בנוסף, כך אמרו, הייתה הרשות נהנית מייתרונות שאינם כספיים, כגון: "זמינות, צבירת ידע ואפשרות הגברת התפוקה הכללית של החברה". "מטבע הדברים", כך נטען באותה ישיבה, "יועץ משפטי פנימי אינו יכול להיות ברמה גבוהה ובעל מגוון התמחויות", ולכן, כך הניחו המשתתפים, גם בעתיד הם יצטרכו להיעזר בייעוץ חיצוני, אבל במחירים נמוכים הרבה יותר [כאמור, החיסכון המשוער על ידיהם הוא כ-2 מיליון שקל].

לנוכח הנתונים, החליטו משתתפי הישיבה שלא לחדש את "תקופת ההתקשרות הפוריה בת חמש שנים" עם משרדו של אלוני, ולשכור יועץ משפטי פנימי. כעבור זמן, נבחרה לתפקיד עו"ד טלי גפן.

הרשות לפיתוח כלכלי של עיריית תל אביב הוקמה במאי 2000 על-ידי מקורבו של חולדאי, אבישי ברקמן ז"ל, שנהרג בתאונת מטוס במסגרת נסיעת עסקים בחו"ל. ברקמן ז"ל היה איש חיל האוויר לשעבר, סמנכ"ל בחברת קרדן, עמד בראש מטה הבחירות של חולדאי ב-1998, ואחרי הבחירות הוא התמנה לעמוד בראש הרשות לפיתוח כלכלי של עיריית תל אביב. הרשות הינה תאגיד עירוני העוסק, בין השאר, בנדל"ן, עריכת מכרזים לקבלנים, מכירת שטחי פרסום ויזמות משותפת לעיריה וגופים כלכליים. העיריה מחזיקה במלוא מניות התאגיד. מכון זאת, ראש העיריה הוא גם ראש התאגיד.

לקראת אמצע שנת 2002 החלה להתפתח בתל אביב פרשה מתוקשרת ובעייתית, שלימים כונתה: "פרשת רועה". בתקשורת הופיעו כתבות רבות ובהן האשמות נגד מיכאל רועה מסיעת מרצ בעיריית תל אביב, שכיהן באותה תקופה בתפקיד סגן לראש העיריה וליו"ר הוועדה לתכנון ובנייה המקומית, הוא חולדאי. רועה הואשם בתקשורת כאילו ביצע עבירות בנייה בביתו ברחוב יהודה הימית 75 ביפו, תוך ניצול מעמדו כראש הוועדה לתכנון ובנייה. בנוסף, הואשמו גם אנשי עיריה במתן הקלות והיתרים שלא כדין לרועה. רועה הכחיש, וכך גם אנשי העיריה. אולם נוכח מחול השדים התקשורתי, המליץ מהנדס העיר, דני קייזר, שעמד אז בחזית ההאשמות, על "מינוי בודק חיצוני" שיפסיק את מחול השדים התקשורתי ו"שיבחן את כל השאלות שהועלו והתשובות שניתנו ויגבש את מסקנותיו באופן מקצועי ובלתי תלוי".

חולדאי אימץ את ההמלצה ופנה לשופט בדימוס שאול אלוני על-מנת שיקבל על עצמו את התפקיד ויגיש דוח בדיקה. אלוני הסכים והמינוי קיבל פרסום בתקשורת, תוך הדגשת היותו של אלוני "בלתי תלוי". העובדה, שבזמן שאלוני הוצג כבלתי תלוי, משרדו הועסק בחוזה התקשרות על-ידי גוף של העיריה, הרשות לפיתוח כלכלי בראשותו של חולדאי – לא פורסמה.

אלוני מספר עתה, כי חולדאי הציע לו תשלום תמורת כתיבת הדוח, אבל הוא דחה את ההצעה כדי להיות בלתי תלוי. וכך כותב אלוני ל-Nfc: "בעניין מר רועה: פנה אליי ראש העיר וכל בקשתו הייתה לחקור את הנושא לעומקו ולהמציא מסקנות תוך 30 יום. ראש העיר הציע לי תשלום בעד העבודה שהעסיקה אותי מאוד. דחיתי את ההצעה, כי רציתי להיות חופשי מכל קשר ונאמנות כלפי העיריה".

אלוני מאשר, כי בעת בדיקת עניינו של רועה, קיבל משרדו כסף מהרשות לפיתוח כלכלי של עיריית תל אביב. אולם לדבריו, "הסכום היה נמוך בהרבה מהמקובל אף בחברות ממשלתיות לכמות העבודה ולמספר עורכי הדין שהועסקו".

בתגובה לשאלה, מסר אלוני כי בנוסף להתקשרות משרדו עם הרשות לפיתוח כלכלי של העיריה, טיפל משרדו גם בעניינים משפטיים של עיריית תל אביב עצמה. נושא אחד היה "עניין ההצפות" ונושא שני היה בעניין "חברת הביטוח שביטחה קודם לכן את העיריה".

עם זאת טוען אלוני, כי משרדו לא קיבל מהרשות לפיתוח כלכלי את מלוא הסכום [כ-5 מיליון ש"ח] שצויין על-ידי אנשי הרשות בסעיף הוצאות משפטיות, אלא סכום נמוך מזה.

בתגובה לשאלה האם לפני מינויו יידע את כל הנוגעים בדוח בדבר ההתקשרות שבין משרדו לבין הרשות הכלכלית של עיריית תל אביב, השיב אלוני: "וידאתי שמר מיכאל רועה ידע זאת, ואין ספק שידע זאת, שכן היה חבר מועצת המנהלים של הרשות וחבר ועדת כספים". תגובה דומה נמסרה מלשכת דובר עיריית תל אביב. עם זאת יש לציין, העיריה ואלוני לא המציאו אסמכתות לכך שהם יידעו את הציבור, את אנשי העיריה ואת האחרים בדבר קשרי ההעסקה שביניהם. לטענתו של רועה, הוא לא ידע על הקשר של הרשות עם משרדו של אלוני מכיוון שבפניו הוצג רק עו"ד בלטר. כמו כן טען רועה, כי בתקופה בה היה מעורב בענייני הרשות הסכומים ששולמו לעו"ד בלטר היו נמוכים.

העיריה לא העבירה ל-Nfc הוכחות שנתבקשו על-מנת להפריך טענה זו.

עיריית תל אביב: "עורכי דין ממשרד בלטר, גוט אלוני ושות' נתנו ייעוץ משפטי לרשות לפיתוח כלכלי. השופט בדימוס שאול אלוני מונה לבדוק את עובדות המקרה בעניין חריגות הבנייה של סגן ראש העיר דאז, ולא כבורר עם סמכות הכרעה. אלוני ביצע עבודתו זו בהתנדבות. מיכאל רועה שימש חבר דירקטוריון של הרשות והיה מודע לכך שמשרד עו"ד בלטר, גוט, אלוני ושות' משמש כיועץ המשפטי של הרשות לפיתוח כלכלי, בירך על מינויו ואף ציין כי מדובר בשופט חיצוני מקצועי ובלתי תלוי".

השופט בדימוס שאול אלוני: "מראש הודעתי שעבודות מסוג זה, איני גובה תשלום עבורן. על העובדות והמסקנות אין מחלוקת גם מצדו של רועה, למיטב ידיעתי, שכן הן ברורות לחלוטין. מראשית דרכי ועד הגשת המסקנות לא הייתה כל מעורבות מצד ראש העיר או מי מטעמו וכל הפקידות אליה פניתי שיתפה עמי פעולה".

מיכאל רועה: "בטחתי בשופט בדימוס ואני מופתע לשמוע שמרדו קיבל סכומי כסף גדולים בשעה שהוא הוצג כבודק בלתי תלוי. הדברים מעוררים חשדות כבדים על התנהלותו של רון חולדאי בפרשה. כאז כן גם היום אני טוען שהתנהלותי הייתה ללא רבב".