הוראות היצרן לאחזקת קרונועי ה-IC3 לא הגיעו לארץ יחד עם המוצר, ולא נרכשו מעולם מהיצרן. הטיפול בקרונועים מתבצע על-סמך טיפול בקרונועים קיימים דומים. מהרכבת נמסר כי אחזקת כל הציוד ברכבת מבוצעת על-פי הוראות יצרן בתוספת של הוראות התואמות את אופי העבודה של הציוד בארץ ואת תנאי מזג האוויר באזורנו.

גם אם הייתה בעיה כלשהי במסוט, הרי שתקלה שכזו אינה אמורה לפרק קרונוע. מסוט פגום היה אמור לכל היותר להיות כמו "קש ששובר את גב הגמל". מזה זמן רב לא עוברים הבודקים והטכנאים הכשרה, למרות שההוראות מחייבות זאת. לשאלתנו היכן מתבצעת הכשרת העובדים העוסקים בתחום הטכני והבדיקה, והאם היא מתבצעת כנדרש, לרבות קורסי ריענון אחת לכמה זמן, השיבה דוברות רכבת ישראל: "לעובדי מוסכי הרכבת ישנו ניסיון רב בטיפול בציוד הנייד. עובדי המוסכים והתפעול מוסמכי הכשרות לתחזוקת כל הציוד הנמצא ברשות הרכבת, ובמהלך השנים בוצעו בארץ מספר רב של ריענונים על-ידי היצרן". אולם עובדים ברכבת טוענים מנגד כי לא נותנים ליצרן לקיים קורסי ריענון בארץ, משום שאז הסוכן, נציגה בישראל של החברה היצרנית, אינו מקבל עמלה. לדבריהם, העובדים אינם מוכשרים כראוי לביצוע התפקיד.

בישראל אמור ציוד הנע על המסילה לעבור מבחן ("טסט") כל שלושה ימים. בעקבות התאונה, החליטה הנהלת רכבת ישראל לערוך בדיקה מקיפה לכל הקרונועים מסוג IC3, דגם הקרון שנפגע בתאונה.

שאלת News1 באשר לנוהלי החתימה על דוח שכזה ועל האפשרות לכתוב אותו למפרע נותרה ללא מענה, אולם מרכבת ישראל נמסר כי "רכבת ישראל מבצעת בדיקות סדקים בחוגונים אחת לחודש, בכל הקרונועים, בהתאם להנחיות חברת בומברדייה. הבדיקות נערכות על-ידי חברה חיצונית - גבי שואף בע"מ - המעסיקה בודקים מוסמכים ומאושרים לביצוע בדיקות מסוג זה (בדיקות מגנטיות level2)". אולם כאן אין מדובר בכשל בחוגונים או בסדק בהם.

נראה כי מה שקרה הוא שה'גשר' התומך את ה'גיר' נפל עד שנתקע במסוט וננעץ. המכות אותן חוו הנוסעים נגרמו מאותו גשר - קורה מלבנית עם מסגרת באורך של כמטר וחצי - שגירד את האספלט. עם זאת, הטלטול בנסיעה נבע ככל הנראה כתוצאה מן התוואי בו נסללה המסילה. ועדות החקירה יידרשו לתת תשובה האם החלקים שהוחלפו היו תקניים, האם הברגים נסגרו כראוי והאם הכל רותך כנדרש.

לשאלת News1 מדוע אין מנגנון בקרת איכות, ומדוע המְתקֵן הוא זה שגם מאשר את הבדיקות? השיבה רכבת ישראל: "קיימים מתקני בדיקה רבים לקרונועים, וכל המתקנים הומלצו על-ידי היצרן ומאושרים על ידיו. לכל סוג של ציוד ובכל מתחם אחזקה, קיים מהנדס מחלקה, וקיימים מפקחים המבצעים פעולות בקרה ופיקוח על עבודות האחזקה [הערת המערכת: בחלק ממתקנים אלה לא מתבצע כיול, למשל בחטיבת נייד]. לאחר כל בדק, מבוצעת נסיעת ניסוי עם המפקח, שהינו הסמכות לאישור הקרונוע לתפעול. מרבית המתקנים מיועדים לשיפוץ מכלולים. בנוסף, מונחים עובדי המוסכים לביצוע בקרה אישית, והם חותמים על כל סעיף שביצעו בתיקון הציוד [הערה: הכל חתום, אבל מי אמר שהתיקון אכן נעשה?].

ברכבת ישראל סירבו להתייחס לממצאי החקירה, וכן סירבו להתייחס לשאלה האם יזומנו הטכנאים בשטח לבדיקת פוליגרף שתעיד על מהימנות המידע שמסרו, ותנקה אותם מהעלאת חשדות לטיוח ראיות שעלולות לפגוע בחבריהם לעבודה.

בדוח מסכם לאירוע "כמעט תאונה" בעכו שהוגש באחרונה למנכ"ל הרכבת, יצחק הראל, נאמר בין היתר כי יחידת הפיקוח התפעולי על הנהגים בחטיבת הנוסעים אינה ממלאת את ייעודה. עניין זה, ומידע נוסף שלא פורטה מהותו, הועברו לבדיקת מבקר הפנים של החברה. עוד צוין בדוח כי בחטיבת הנוסעים במוסך חיפה קיימת נורמה פסולה של שיבוץ נהגים לא-תקין תוך פגיעה בעיקרון השיווין ותוך העדפת מקורבים. נושא זה עלה בעבר ולא טופל על-ידי מנהלי החטיבה. מנכ"ל הרכבת, אישיות מקצועית שהוכנסה לתוך מיטה חולה, אמר כי התנהלות זו מעידה על הסכמה שבשתיקה עם נורמות פסולות אלה.