ראש המועצה האיזורית מטה בנימין, אבי רואה, היה נתון בניגוד עניינים מוסדי כאשר כיהן במקביל גם כיו"ר מועצת יש"ע. בנוסף לכך, עמותות עימן היה לו קשר, קיבלו מהמועצה תמיכות ניכרות על-פי תבחינים שנתפרו לצרכיהן. כך קובע (21.11.17) מבקר המדינה, יוסף שפירא, בדוח על השלטון המקומי.

בשנים 2016-2012 קבעה המועצה 16-13 תבחינים לתמיכה בעמותות. חלק מהתבחינים מנוגדים לנוהל של משרד הפנים המסדיר את תמיכותיהן של הרשויות המקומיות במוסדות ציבור, ובהם שמירת קרקעות וגאולת קרקעות - ולכן התמיכה בהן הייתה פסולה.

אחד התנאים שקבעה המועצה כתנאי לקבל תמיכה על-פי תבחין "גופים הפועלים לשמירה על קרקעות" הוא, כי "העמותה לקחה חלק בלא פחות מ-15 הליכים משפטיים הנוגעים לסוגיה זו". לבקשת התמיכה שהגישה עמותה רגבים למועצה בשנים 2016-2015 צורפה רשימה של 15 עתירות לבג"ץ, שאת כולן הגישה העמותה נגד המדינה. בכך קבעה המועצה תנאי לקבלת תמיכה שמשמעו בפועל הגשת עתירות נגד המדינה - המממנת שני שלישים מתקציבה של המועצה.

בחלק מהמקרים קבעה המועצה תנאים רבים וספציפיים כל כך, עד שמלכתחילה מעט מאוד גופים יכלו לעמוד בהם, כמו בתבחינים "מכוני מחקר", "מוסדות מחקר בנושאי בנימין" ו"ארגוני בריאות". כך למשל, מכון מחקר קיבל תמיכה במשך חמש שנים משום שהוא היחיד שעמד בכל התנאים: מחקר המשלב מחקר אקדמי ותורני ביחס למשפט הישראלי הנוהג, לפחות שלוש שנות פעולה בתחומי המועצה ופרסום של לפחות משלושה ספרים, שמספר העמודים בכל אחד מהם עולה על 300.

נוסף על כך, התנאים שקבעה המועצה, המציבים דרישות ספציפיות ודווקניות מאוד, בתבחינים "גופים הפועלים לשמירה על קרקעות" ו"גופים הפועלים לגאולת קרקעות ביו"ש", מעלים את החשש כי הם נתפרו למידותיהן של שתי עמותות - שרק הן ביקשו וקיבלו תמיכה.

רואה נמנה עם ארבעת מקימי אחת מאותן עמותות בשנת 2013, והיה גם חבר הוועד המנהל ויו"ר האסיפה הכללית שלה. עם מקימי העמותה נמנה גם מי שהיה עוזרו בשנים 2016-2008. מינואר 2010 שימש העוזר במקביל גם כמנכ"ל רגבים. מצב זה עלול לחזק את החשש, כי התנאים לתבחינים שקבעה המועצה נועדו להבטיח שעמותות אלו הן שיזכו בתמיכה. שתי עמותות אלו קיבלו יחדיו 750,000 שקל בשנים 2016-2012.

בשנים 2017-2013 שימש רואה גם בתפקיד יו"ר מועצת יש"ע. בשנים 2016-2012 זכתה מועצת יש"ע לתמיכה ממועצת מטה בנימין בסך 2.5-2 מיליון שקל, שהיו 42%-24% מכלל הוצאות המועצה האזורית על תמיכות. רואה פעל בניגוד עניינים מוסדי בכל הנוגע למעורבותו בהענקת התמיכות של המועצה למועצת יש"ע, קובע שפירא.

התבחין שקבעה המועצה האזורית ועל פיו קיבלה מועצת יש"ע את התמיכות הוא "ארגוני שדולה למען המועצה". אלה הוגדרו ברשימת התבחינים שפרסמה המועצה בשנים 2016-2012 כ"גופים המאגדים בתוכם רשויות מקומיות ואזוריות בלבד ביש"ע ואשר מבצעים פעילות שדולה לצורך חיזוק ההתיישבות ביש"ע, בין היתר מול משרדי ממשלה שונים". תנאי הסף שנקבעו הם אלה: שהגופים יפעלו למעלה מ-5 שנים; שהיקף פעילותם לא יפחת מ-5 מיליון שקל בשנה; ושהתמיכה תהיה נמוכה מ-40% מסך הפעילות הכוללת של הגוף. לאורך שנים אלה הייתה מועצת יש"ע הגוף היחיד שזכה לתמיכה מכוח תבחין זה.

בדיון שקיימה מליאת המועצה בפברואר 2012 אמר רואה, כי מועצת יש"ע "פועלת על קבלת 'מענק ביטחוני' כשאנו כמועצה מקבלים אותו. כשהמענק מתקבל אנחנו נותנים אחוז מסוים ל[מועצת] יש"ע". משמעות הדברים היא, כי המועצה האיזורית משמשת מעין צינור להעברת כספים מהמדינה למועצת יש"ע - התנהלות פסולה בתכלית.

הדוח מצביע על ליקויים מהותיים בתחום התקשרויות המועצה, אשר היקף ההוצאה עליהן בשנים 2016-2012 היה 1.2 מיליארד שקל. בשנים 2016-2012 שילמה המועצה האזורית לחברה לפיתוח מטה בנימין, אשר למועצה 3% ממניותיה והיא הממנה את היו"ר שלה, 485 מיליון עבור שירותי הסעות ועבודות בנייה ושיפוצים. סכום זה הוא 40% מכל התקשרויותיה של המועצה עם ספקים בשנים אלו; למועצה יש 1,100 ספקים בשנה. רואה עומד בראש דירקטוריון החברה לפיתוח והוא אחד מארבעת מורשי החתימה שלה.

בשנים 2013 ו-2016 שינתה המועצה תנאי מהותי במכרז לשירותי הסעת תלמידים, ללא קבלת אישור משרד החינוך כנדרש. השינוי הבטיח את המשך ההתקשרות עם החברה לפיתוח, שסיפקה לה שירותים למעלה מ-30 שנים, ופגע בעקרון שוויון ההזדמנויות העומד בלב ליבם של דיני המכרזים. הדברים חמורים עוד יותר מאחר שהיועץ המשפטי החיצוני של המועצה כיהן גם כיועץ המשפטי של החברה לפיתוח, דבר העלול להעמידו במצב של ניגוד עניינים. שפירא קובע, כי כל אלו יוצרים חשש ממשי למשוא פנים.

לבסוף מציין הדוח, כי בשנת 2015 פעלו בתחום שיפוטה של המועצה 154 עסקים ללא רישיון עסק (52% מכלל העסקים טעוני רישיון). עם עסקים אלה נמנים 63 עסקים בתחום המזון וכן עסקים רבי-קהל, דבר היוצר סכנה לשלום הציבור, לבריאותו ולביטחונו. הליכי הרישוי במועצה נמשכים זמן רב, לעתים שנים רבות. המועצה לא הפעילה את סמכותה לאכוף את חוק רישוי עסקים על בתי עסק הפועלים ללא רישיון.