בנובמבר 2011 הוגש כתב אישום נגד הרב מוטי אלון, בטענה לביצוע עבירות מין בשניים מתלמידיו בישיבת הכותל שהיו בני-עשרה. מעשיו של אלון נחשפו בידי פורום "תקנה" הדתי-לאומי, לאחר שלטענת הפורום אלון לא עמד בתנאי שנקבע עימו ולפיו יפסיק את פעילותו החינוכית ולא יקבל בני נוער לשיחות ביחידות. הפורום טיפל בתלונות לפני שנים אחדות, לאחר שקורבנותיו של אלון סירבו לפנות למשטרה. המדינה הציעה לאלון להודות בשני האישומים תוך שלא תבקש להטיל עליו עונש מאסר, אך הוא סירב. אלון כופר בהאשמות וטוען, כי מדובר היה במגע תמים ואבהי.
עתה כולם אוהבים לשנוא אותו. זה משרת את נתניהו, אבל זה לא יחזיק מים
