בסוף נובמבר 45 מסיים קובנר את שהותו הקצרה בארץ ישראל. אפשר לומר שזוהי 'עלייתו הראשונה' ארצה. הוא הגיע בקיץ, בחודש אוגוסט, לארגן אמצעי לחימה קטלניים עבור חבורת הנקם - די"ן - דם ישראל נוטר - שציפתה לו באירופה, ובעיקר בפריס. הוא הוגנב ארצה בידי ארגון ההגנה, בתחפושת וניירות מזויפים ע"ש בנימין בית הלחמי, חייל הבריגדה היהודית שהיה כבר בהליכי שחרור. כבר סיפרנו במקום אחר, איך נחקר בידי ראשי ההגנה בארץ, איך שהה בעל כורחו כמה יממות בבית אמו של שאול מאירוב, אביגור, מראשי ההגנה, בחולון.
הוא יצא לסדרת פגישות ארוכה ובלתי מסתיימת עם ראשי השומר הצעיר והקיבוץ הארצי, עם נוקמי הבריגדה שפגש באיטליה, ושוחררו בינתיים מהצבא הבריטי, עם האחים קציר, הכימאים שהיו אמורים להכין את הרעל הקטלני, ועם אישי ציבור רבים, ויש אומרים שגם עם חיים ויצמן ובן-גוריון...מראשי היישוב שפגש אז, התקרב במיוחד ליצחק שדה. האיש אהב שירה, היה בוהמיין מלידה, אהב משוררים והיה פתוח לפליטי השואה הרבה יותר מפלמ"חניקים אחרים.
סניגור מובהק של יהודי השואה
יצחק שדה לקח את קובנר לכמה מסעות בארץ והכניס אותו, בין השאר, לסודות הכמוסים של הצבא שבדרך. וכך כנראה גם הגיעו לקברות המכבים במודיעין, בחג החנוכה הראשון שחגג קובנר בארץ. הם נסעו בג'יפ של יצחק שדה בוודאי, דרך עשרות הכפרים הערביים העוינים שממזרח ללוד ולרמלה. במודיעין התכנסו מאות מפקדים מהפלמ"ח, למעין כנס חגיגי של ביקור דתי-ארכיאולוגי. הביקורים הללו בקברות המכבים הפכו למעין הרגל דתי וגם הבריטים וגם הערבים התרגלו אליהם ולא חשדו יותר מדי. כמובן שהשם הרשמי היה עצרת נוער במודיעין. יצחק שדה כנראה הסכים עם קובנר, בשיחה מוקדמת ביניהם, על הדברים שקובנר יאמר בכנס. אך למרבה ההפתעה, לימים הסתבר שדבריו באותו הכנס חורגים חריגה קיצונית מדבריו האחרים על השואה ועל יהודי הגולה.
אין ספק שקובנר הפך במשך השנים לסניגור מובהק של יהודי השואה. הן הניצולים והן המתים. לא תמצאו בכל נאומיו המוכרים מילה אחת של גנאי או אפילו ביקורת חריפה נגד העם של השואה. אדרבא, בדרכו שלו הביע את הערכתו העצומה, את אהבתו ואת קשריו ההדוקים אליהם. והנה בנאומו במודיעין מחכה לנו הפתעה רבתי. אבא קובנר מגנה בחריפות ללא כל השוואה לדבריו האחרים, את התנהגות היהודים בגטו ותחת הכיבוש הנאצי. הוא הביא בדבריו סיפורים נוראים ששמע מאחרים, או סיפורי אימים על התנהגות יהודית שפלה, שהתהלכו בין הפרטיזנים.
נאום 'הנס בחידלון'
בכנס היה כנראה עיתונאי מהעיתון המשמר, או שאולי קובנר, שהיה לו חוש היסטורי ויחצ"ני מפותח, דאג שנוסח הנאום יגיע בהקדם למערכת ה'משמר'. כיוון שהדברים אינם חתומים אלא רק מובאים בשמו של קובנר, קשה לדעת מי באמת הכניס אותם ל'משמר'. כך או כך, בסוף נובמבר 1945, ממש כשעלה אבא קובנר שוב על 'השמפוליון', אותה אנית צי בריטית שנעה בין טולון לאלכסנדריה, לשוב ולהנהיג את חבורת הנקם שלו, אל אחד האסונות הנוראים שרק בדרך נס לא אירע, התפרסמו ב'משמר', בשני המשכים, שבוע אחר שבוע, דבריו החריפים בכנס הפלמ"ח במודיעין. המעניין בסיפור הלא ידוע הזה הוא - שקובנר מעולם לא כינס את נאומו במודיעין - כלשונו המקורית - לספריו!. לימים כשיצא ספר מסותיו 'על הגשר הצר', מסות בעל פה, 1981, בעריכת ד"ר שלום לוריא ז"ל איש מרחביה, הובא בו הנאום ממודיעין, 'הנס בחידלון', אך כל הפיסקאות הקטגוריות נמחקו כאילו לא נאמרו! יש להניח שקובנר עצמו נבהל מעוצמת הקיטרוג שבדבריו המוקדמים הללו, והוא הוא שצינזרם.
חלק מהדברים אנו מביאים כאן, לראשונה מאז פרסומם בעיתון 'משמר':
אבא קובנר, 'הנס בחידלון', דברים בכנס נוער על קברי המכבים, מודיעין. חנוכה, דצמבר 1945. 'משמר' עיתון יומי, בשני חלקים. (יש להניח שקובנר נזקק ל-'נס' בכותרת, בהקשר לחג החנוכה תש"ו).
"בתור לפני תאי הגאזים, היו יהודים נדחסים ורבים על הבכורה להיכנס לתא. באחד ממחבואי הגיטו הווילנאי, "מלינה", ישבו 80 איש ללא מים. ללא אוויר. עד שהתחיל אֵי-איש שותה את שִׁיתְנוֹ. פתחו את הדלת המוסווית, ומסרו עצמם לידי הרודפים."
"סיפר לנו איש-עירי שנמלט ממחנה-הסגר באסטוניה, וכדור עוד תקוע בצווארו! עמדו לסלקם, נכנס קצין גרמני לצריף. הקהיל את כולם בחצי-מעגל, ובאקדחו התחיל הורג אחד-אחד. והיו שם כאלה שרק נפצעו, וזחלו על גחונם שותתי-דם - חיננו ממנו כדור נוסף. ובחור אחד, שלא הגיע עוד תורו, כמעט שנטרפה דעתו עליו. רבץ תחתיו וזעק. אמר אליו הקצין הגרמני בנחת: "אל פחד בחור, אתה מייד תקבל את כדורך!"
"בתא בית-הסוהר הלוקישקי בווילנה, שהיה לתחנת-מעבר ליהודים שהוצאו מהגיטו, בתא שהכיל כרגיל 10 - 12 איש, הכניסו 70 - 75 נפש. עמדו, נתלו איש בזרוע רעהו. היו נשים הרות. קרה גם לא פעם שמישהי ילדה. וכשהייתה נפתחת אחר כך הדלת, איש לא שאל - לאן??"
"את המוני היהודים שהביאו לפונאר אספו לבקעות [מחצבות] כאלה. ואחר כך היו מובילים אותם קבוצות-קבוצות מסודרות למקום הקלע [בורות הירי]. מרחוק כבר שמעו את היריות. וקרה פעם כשציוו על קבוצה כזו להסתדר, ליישר את השורה, ונמצא יהודי עיקש שלא הזדרז להיכנס לסך. צעקו אליו מהשורה: "ר' ייד, איר מאכט דאך אוגדז אומגליקליק, שטעלט זיך אריין אין ריי!". (יהודי, אתה ממיט עלינו אסון, היכנס מייד לשורה!).
כי רע מההרג הייתה הציפייה האחרונה. הייסורים נראו ארוכים לאין קץ. כל רגע עלול להביא אימה גדולה מזו שחלפה. ואז, אז המוות הוא פדות. אך לציפייה האחרונה קדמה ההליכה. "
"המוני העם הלכו בדרכם האחרונה כשהם עוד מפרפרים בין יאוש ותקוות, ונאחזים באחרון צפרניהם בתוחלת-קש: לא. זהו כיוון אחר. זה לא למוות. היו עומסים על כתפיהם כרים ושמיכות ותכשיטים וזהב. והיו יהודים גונבים ושודדים איש את רעהו! ובדרך האחרונה לא פעם נשמעה צעקה: געוואלד, מזוודתי עם הכסף! [כלומר נגנבה]. בחצר לוקישקי הגדולה היו רובצים אלפים. גברים, נשים וילדים. איש לא יודע כמה שעות עוד נותרו לו. אולם כולם היו צמאים. מעבר ההוא, בקצה רחבת החצר, הייתה המשאבה. ולא כולם יכלו להגיע לשם. היו מאושרים שנמצאו בפינה ועשו מונופולין על המים, ומוכרים, ב-10 אלפים רובל הדלי! במזומנים! (אינני יודע - אולי גם בהקפה!).
על הקפות אחרות אני כן יודע. באחד המחבואים בגיטו, בחדר מתחת לגג, ישבו בפחד מוות 15 איש. מכירים, ידידים לשעבר, (אחרת לא היו נמצאים בחור אחד!). ואחד מהם, שכחתי את שמו - ממשפחה ידועה, מכר לכל היֶתֶר מזונות במחירים ספקולטיביים עצומים! כל "אושרו" היה בכך שהיה מקומו בחוֹר ליד האשנב הקטן, שדרכו הוא היה מתקשר עם השוער הנוצרי, שהיה מביא להם את האוכל. רק בעד התיווך סיפסר! והיה כי אזל אצל מישהו כסף, ונתן בהקפה! והיו אלה ידידים לשעבר. והיו אלה שישבו יחד בחוֹר ההוא, ויומם ולילה קטלו יחד חופני כינים, גברים וגברות ללא בושת. והם היו בעלי השכלה - וגבוהה. בעלי תרבות. (או, מה מעופשת הייתה תרבותם של השאר, שלא הטביעו אותם ברוּקם!). ולמדו לשנוא איש את רעהו בדרכם האחרונה. ואם גמר מישהו בלבו, שאכן זו דרכו האחרונה, ניחם את עצמו: אבל גם הוא ימות! (הוא: מנדל, יענקל - ללא פָּרִיץ!)."
אווירת הרוחניות מקטינה פגיעות ומעלה אותנו לגבהים שלא ידענו שיש בנו 
על-אף שמדובר במתחם בעל ערך היסטורי ואדריכלי רב, המתחם נמצא מזה שנים במצב של הזנחה מבישה
